一、概念不同
1、公司制企业是指按照法律规定，由法定人数以上的投资者(或股东）出资建立、自主经营、自负盈亏、具有法人资格的经济组织。我国目前的公司制企业有有限责任公司和股份有限公司两种形式。
2、非公司制企业，是指不受《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国中外合资经营企业法》、《中华人民共和国中外合作经营企业法》、《中华人民共和国外资企业法》调整，目前仍然依法存续，从事生产、经营、服务的企业。
二、分类不同
1、非公司制企业
1）个人独资企业
个人独资其实就是你自己成立的公司就由自己的管理，不用假手于人，但同时与此相对的，倘若公司面临了什么问题，所有的责任也将一个人承担。
2）合伙制企业
合伙制企业则不同，公司并不是交由一个人管理，利润也并不是由一个人独享，所以要面对的风险自然也不用一个人承担。
3）合作制企业
合作制企业与合伙制企业仅一字之差，可两者之间确实千差万别。合伙是法律概念，合作是生活概念。合作制企业，顾名思义就是双方或多方在资金、劳动等各方面进行合作，共同经营的企业。
2、公司制企业
1）有限责任公司
有限责任公司，顾名思义就是责任有限，同时也是资源有限。且分为 普通有限责任公司 和 一人有限责任公司 两种 。普通有限责任公司则要求股东人数需在2人以上，50人以下；而一人有限责任公司要想注册，最低注册资金不得少于3万。
2）股份有限公司
股份有限公司就不同了，股东人数相较于有限责任公司更多至2人以上，200人以下，而且就如以往影视剧中所写，公司的资本全部划分为等额股份，股东们认购的股份越多，所要承担的责任就越大。
三、承担的民事责任不同
1、公司制企业为以投资人的个人财产对企业债务承担无限连带责任。
2、非公司制企业为以其投资额承担有限责任（除外情形：若不能证明公司财产独立与投资人的个人财产时，投资人也要对公司债务对外承担无限连带责任）。
参考资料来源：百度百科-公司制企业
参考资料来源：百度百科-非公司制企业
公司制企业也就是股份制企业，是指由二个以上投资人（自然人或法人）依法出资组建，有独立法人财产，自主经营、自负盈亏的法人企业。公司制的制度相对完善，设有董事会、监事会，这种形式简单清晰，对出资人有一定保障，也易于被各类市场主体接受。
其他非股份制企业就是非公司制企业了。
一人独资企业和一人公司的区别与联系:
1、成立形式：一为非公司制的“企业”，个人独资企业是承担无限责任的，注册资金的多少是自行申报的,不需要验资,有限公司是受<公司法>管辖的,是需注册资本与验资的。
2、对外承担民事责任上：前者为以投资人的个人财产对企业债务承担无限连带责任；后者为以其投资额承担有限责任（除外情形：若不能证明公司财产独立与投资人的个人财产时，投资人也要对公司债务对外承担无限连带责任）；
3、税收方面，前者缴纳个人所得税，后者缴纳企业所得税。
4、适用法律方面：前者为《个人独资企业法》，后者适用《公司法》及相关配套法规；
5、信用方面：前者信用度要高于后者。本回答被网友采纳