三者各有各的特点，评价好与不好和个人的观点和角度不同，下面介绍一下三者的主要区别：
一、学校历史不同
1、江苏科技大学
江苏科技大学源自1933年创办的上海大公职业学校，1952年更名为上海市机电工业学校，1953年合并组建上海船舶工业学校。1961年上海工厂设计学校并入。1970年迁至镇江，更名为镇江船舶工业学校，1978年升格为本科并更名镇江船舶学院，1993年更名为华东船舶工业学院。1999年江苏省江海贸易学校并入。1999年学校从原中国船舶工业总公司划转江苏省管理。2000年中国农业科学院蚕业研究所与学校合并。2004年学校更名为江苏科技大学。
2、常州大学
学校始建于1978年，原名为南京化工学院无锡分院、常州分院，是省属全日制本科院校，1981年经国务院批准，定名为江苏化工学院，1984年实行江苏省人民政府和中国石油化工总公司联合办学机制，1992年成为中国石油化工集团公司管理的部属院校，并更名为江苏石油化工学院，2000年实行中央与地方共建、以江苏省管理为主的管理体制；2001年江苏省商业技工学校并入，2002年更名为江苏工业学院；2010年经教育部批准更名为常州大学。
3、南通大学
学校始建于1912年，源自近代著名实业家、教育家、政治家张謇先生创办的私立南通医学专门学校和私立南通纺织专门学校。2004年5月经教育部批准，原南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所省属公办本科院校合并组建新的南通大学。
二、学校规模不同
1、江苏科技大学
截至2020年，学校拥有镇江东、南、西3个校区和张家港校区以及上海办事处，占地2482亩，新校区坐落于镇江市丹徒新区十里长山，占地2650余亩，在校普通本科生17500余人，有教职员工2150余人。
2、常州大学
截至2020年，学校有武进、白云、西太湖三个校区，占地面积2498亩，建筑面积71万平方米，下设17个学院，全日制在校生20000余人，教职工近1800余人。
3、南通大学
截至2020年，学校有4个校区，占地面积3700余亩，建筑面积近100万平方米，设有22个学院、1个独立学院，有全日制在校本科生近40000余人，研究生2700余人，留学生750余人。
三、院系设置不同
1、江苏科技大学
船舶与海洋工程学院、能源与动力工程学院、机械工程学院、电子信息学院、计算机学院等15个学院。
2、常州大学
常州大学石油化工学院（食品学院）、常州大学制药与生命科学学院（护理学院）、常州大学机械工程学院（城市轨道交通学院）、常州大学石油工程学院等17个二级教学学院。
3、南通大学
南通大学文学院、南通大学理学院、南通大学政治学院（马克思主义学院与其合署）、经济与管理学院等20个学院。
四、学校特色不同
1、江苏科技大学
江苏省重点建设高校、教育部卓越工程师教育培养计划高校、国家国防科技工业局与江苏省人民政府共建高校、江苏省人民政府与中国船舶工业集团公司、中国船舶重工集团公司共建高校。
2、常州大学
省属重点本科高校、省部共建大学。
3、南通大学
省部共建大学、省属重点建设大学、卓越医生教育培养计划、卓越教师培养计划。
参考资料来源：百度百科-江苏科技大学
参考资料来源：百度百科-常州大学
参考资料来源：百度百科-南通大学
南通大学相对更好一些。学校设有20个学院、1个独立学院（杏林学院）、1家直属大型综合三级甲等医院（南通大学附属医院）和国际教育学院、继续教育学院。拥有基础医学、临床医学、信息与通信工程3个博士后流动站，基础医学、临床医学、信息与通信工程3个一级学科博士点，22个一级学科硕士点，10个硕士专业学位点。
临床医学、神经科学与行为学、工程学、药理学与毒理学、生物学与生物化学等5个学科进入ESI学科全球排名前1%。拥有江苏高校优势学科2个、江苏省重点学科8个、江苏省临床医学重点专科26个。
南通大学其他情况简介。
南通大学拥有国家地方联合工程研究中心、教育部重点实验室、中石化重点实验室、中纺联重点实验室、省级重点实验室和工程中心、省军民融合创新平台、江苏高校协同创新中心、省高校哲学社会科学重点研究基地等一批高端科研平台。
五年来，承担国家重点研发计划项目、国家“973”项目、国家自然科学基金项目（469项）和社会科学基金项目（80项）等近600项，作为第一申请人获授权发明专利1304件，荣获国家技术发明奖、全国创新争先奖。
以上内容参考 南通大学——学校简介
本回答被网友采纳江科大最好的是船海学院（在全国排在前列），其次材料、电信、经管、生环等。