项目预决算管理存在的主要问题：
从目前单位预算控制和决算管理的整体效果以及要达到的最终目的来看，还存在着如下方面缺陷：
1、无法对项目进行全面的预算控制
受技术与人力等方面限制，目前只是有选择地对一些重大或者重点的科研项目进行预算控制，并没有将所有项目纳入预算控制系统。
预算控制覆盖面不全、不广、不具有广泛的代表性，从而也就没有真正达到项目预算控制的目的。
2、项目预算控制与财务核算系统脱节，财务信息没有实现共享
因日常业务预算执行记录先于财务记账，可能出现预算执行登记金额与财务核算入账金额不一致、甚至业务缺漏等现象。
通过事后补录不但增加预
算工作量，而且不能全面、及时、准确地反映和把握预算的执行情况，没有真正起到预算前期控制和过程控制的作用。
3、项目预算控制与决算出现脱节，没有实现预算与决算信息的相互融合
项目预算主要是基于统计职能及预算管理员的业务判断，而项目决算主要是基于课题核算人员的判断，由于理解与判断标准不一，影响项目决算报表的准确性，在一定程度上使项目决算报表与其经费预算产生差异，从而影响财务会计信息的质量。
4、财务核算工作量人为加大
大量的项目月度、季度、年度、中期和结题财务决算报表，给课题财务核算带来了巨大工作量，而且数据分类、统计、分析难度大，造成会计信息一定程度的混乱。
5、财务会计的管理效率降低
会计科目与专项经费成本项目开支范围不一致，无法满足内外部管理需求，并导致信息不可比，需要大量的额外加工工作，增加了管理成本。 。
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