法律分析：1、小产权房是不允许对外转让的，而城中村改造房是允许买卖的。按照我国现行法律，集体土地只能用于农业生产或者作为农民的宅基地，土地使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设。小产权房是指在农村集体土地上建设的房屋，未办理相关证件，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，亦称“乡产权房”。
2、小产权房是不具有产权的，而城中改造房是具有产权的。
目前针对小产权房的改造比较困难，一个是加强新增控制，一个是消化“库存”。消化的办法也有，但实行的不多，基本就是两个办法。
法律依据：《中华人民共和国房产税暂行条例》
第三条 房产税依照房产原值一次减除10%至30%后的余值计算缴纳。具体减除幅度，由省、自治区、直辖市人民政府规定。
没有房产原值作为依据的，由房产所在地税务机关参考同类房产核定。
房产出租的，以房产租金收入为房产税的计税依据。
第八条 房产税的征收管理，依照《中华人民共和国税收征收管理暂行条例》的规定办理。