法律分析：1、缴费主体不同。医保是城镇职工缴纳的，农村合作医疗是农民缴纳的;2、费用不同。医保具有强制性，按照职工工资的一定比例收取，农村合作医疗是农民自愿参加，费用一般固定;3、缴纳方式不同。医保是单位和职工一起缴纳的，而且单位缴纳大部分，职工只缴纳小部分。农村合作医疗是农民自己缴纳的。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。 第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。