按照成因，礁相碳酸盐岩储层储集空间类型包括原生孔隙和次生孔隙两大类。特征和类型如下。
7.1.1.1 原生孔隙
这类孔隙是礁相碳酸盐岩形成过程（沉积作用）中产生的，包括各类粒间孔、生物体腔孔和藻架孔。
粒（砾）间孔是指粒（砾）屑碳酸盐岩中，粒（砾）屑之间的孔隙空间（图7.1a、b），是礁后（潟湖）相、碎屑滩相和礁前相常见的孔隙类型。在礁前相中，由于风浪作用易形成颗粒粗大的角砾岩，而发育砾间孔。粒（砾）间孔多呈多边形、条形或不规则形状，大小在100～800μm之间。
生物体腔孔、藻架孔主要发育于礁核（礁格架）相，在生物滩相的生物碎屑中有时也较发育（图3.3a、c，图7.1c）。生物礁是由造礁生物骨架堆积而成的，具有很强的抗压实能力，因此，原生孔隙易于保存。
7.1.1.2 次生孔隙
生物礁形成过程中的海平面升降引起多次礁相碳酸盐岩暴露事件，发生溶蚀作用、白云岩化作用和构造破裂作用。在生物礁埋藏期间，也会发生地层水和礁岩之间的水岩反应和泥晶碳酸盐矿物的重结晶作用。特别是在生油凹陷的斜坡带处，由于源岩的有机质热演化，还会发生有机－无机相互作用。这些作用都可能产生大量的次生孔隙。通过西沙岛礁区钻孔取心研究，主要的次生孔隙有溶洞、晶间微孔（图7.1d）、古生物化石铸模孔（图7.1e、f）、裂缝（图7.1g、h）、颗粒内溶蚀孔（图7.1a）、藻类溶孔（图7.1i）、亮晶颗粒溶孔（图7.1j、k）和扩大的粒间溶孔（图7.11）。
7.1.1.3 孔隙组合
礁相碳酸盐岩中的各种孔隙不是孤立的，而是以一个或多个喉道相互连接，构成完整的孔隙格架（魏喜等，1995、1998；孙洪斌等，1993）。其组合类型包括：粒间孔＋粒内孔＋晶间孔（图7.1a、b）、溶孔＋生物骨架孔＋生物体腔孔（图7.1c、e、f）、构造缝＋溶孔（图7.1g、h）、藻架孔＋生物体腔孔＋粒内溶孔和粒间残留孔＋填隙物溶孔（图7.11）等。其中以各类粒间孔＋溶孔＋晶间孔组合最为发育，储集性能较好。
图7.1a、b 粒间孔（a、b）和粒内溶孔（a），蓝色为铸体，表示孔隙空间
西琛1井，单偏光镜下显微照片；（a）446m,50×；（b）471.5m,25×
图7.1c、d 生物结构孔（c）、晶间孔和晶间溶孔（d），蓝色为铸体，表示孔隙空间
西琛1井，单偏光镜下显微照片；（c）204m,50×；（d）468m,50×
图7.1e、f 被藻黏结的颗粒被溶掉，形成溶孔（e）和生物铸模孔（f），蓝色为铸体，表示孔隙空间
西琛1井，单偏光镜下显微照片；（e）442.3m,25×；（f）656m,50×
图7.1g、h 裂缝型孔隙空间，蓝色为铸体，表示孔隙空间
西琛1井，单偏光镜下显微照片；（g）484.8m,25×；（h）507m,50×
图7.1i、j 藻颗粒溶孔（i）和泥晶碳酸盐溶孔（j），蓝色为铸体，表示孔隙空间
西琛1井，单偏光镜下显微照片；（i）431.9m,50×；（h）460.6m,50×
图7.1k、1 亮晶颗粒溶孔（k）和溶蚀粒间孔（1），蓝色为铸体，表示孔隙空间
西琛1井，单偏光镜下显微照片；（g）74m,50×；（h）665m,50×