在距今4万年前左右，除了智人、尼安德特人和丹尼索瓦人。地球上还存在着其他人类物种，包括生活在印度尼西亚的佛罗勒斯人、生活在中国西南的马鹿洞人等。但目前并未有研究发现现代人有来自佛罗勒斯人、马鹿洞人的遗传，他们可能才是真正异于人类的物种。虽然把亚洲人、欧洲人、非洲人分开列出，但并不代表三者是不同的亚种。分开写是因为携带尼安德特人遗传的主要是欧洲人和亚洲人，撒哈拉以南的非洲人因为没有走出非洲所以没有机会和其他人类亚种杂交。同理，亚洲人的先祖在从中东继续东进的过程中，和丹尼索瓦人多次混血，而欧洲人并未如此。因此上图中按照与尼安德特人、丹尼索瓦人的交流不同把现代人简略分为三种。黄种人、白种人、黑种人不是人类的亚种，而是17世纪到20世纪初对人类的分法，带有种族主义、殖民主义气息。坚持这种说法的人思想还停留在几个世纪以前，被当年的白人殖民主义者在脑袋里殖民了不少观念。硬要说的话，黄种人、白种人是黑人的子集。还是借用我之前写过的话：人类个体间染色体的差异，远大于不同种族间染色体的差异。换句话说，同一种族个体间染色体的差异，远大于种族整体间染色体的差异。但之所以不同种族看上去迥异，是因为外貌体征受气候环境决定。如果没有瞳色和肤色作为区分，从外表上很难把人类归类。欧洲人金发白皮肤高鼻梁的特征，不过是7000年前才形成的。南岛民族在8000年内逐渐移居太平洋诸岛，也在热带变得皮肤黝黑。塔斯曼尼亚土著则因为从热带移居温带生活了8000年肤色变浅。没有走出非洲的人，在基因多样性上远多于走出非洲的人。种族主义者总是试图用田径运动员多为黑人证明种族间的差异，然而因为黑人的基因多样性是如此丰富，跑得最快的应该是黑人，跑得最慢的也应该是黑人。
1997年，德国马普学会演化人类学研究所的遗传学家斯万特·帕博(Svante P??bo)从克罗地亚出土的尼安德特人头骨上提取到了DNA，并测序成功。通过比较线粒体DNA，结果显示尼安德特人的线粒体DNA和人类仍有相当大的不同，尼安德特人应该不是现代人的祖先。之前在汉族是不是纯血统？里说过：人类的细胞中有23对46个染色体，Y染色体只是其中1/46。……分子人类学中之所以多研究Y染色体和线粒体DNA，是因为研究这两者简单、明确、容易得出结论。有朝一日生物学家也将大量从常染色体上追踪人类的遗传痕迹。（颇为讽刺的一点是，民科和爱好分子人类学的种族主义者很喜欢用Y染色体说事，而完全无视人类剩下的45个染色体。
大概是因为他们的46个染色体全是Y染色体吧。）也就是说，帕博当时只检查了尼安德特人基因组中很少的一部分。2007年，理查德·E·格林(Richard E. Green)等科学家开始分析帕博的尼安德特人基因组。他们找到了尼安德特人和智人的混血迹象，但是却不相信这个结果，花了一年的时间试图排除这个结果，最终没能如愿。Green等人2010年发表在《科学》杂志上的论文（A Draft Sequence of the Neandertal Genome）指出：在对比尼安德特人和五个分别来自中国、法国、巴布亚新几内亚、西非洲及南非洲的现代人基因样本后，发现非洲以外的大多数现代人（包括欧洲、亚洲、美洲及大洋洲人）的基因有1%至4%源自尼安德特人，而这是撒哈拉沙漠以南的非洲现代人所没有的。由于东亚人及东南亚人，包括巴布亚民族、美洲原住民都携带此基因，但除欧洲及中东以外的地区都未再发现尼安德特人的遗迹，因此报告作者推断，这是因为智人走出非洲时在中东一带与尼安德特人相遇，并发生小规模融合混血，然后才迁移到世界各地，所以非洲以外的现代人都携有这部分基因。4%是个什么概念？
可以粗浅地理解为你爷爷的爷爷他爸。另外还有研究指出，中国、日本和其他东亚国家的人和尼安德特人存在二次杂交，比欧洲人多拥有20%的尼安德特人DNA。现代人就是智人和尼安德特人混血的后代。尼安德特人和智人通婚交换了等位基因，给双方都带来了诸多遗传上的影响。智人的基因曾多次帮助尼安德特人抵抗病菌，比如与多种癌症有关的EB病毒。而现代人罹患抑郁症、心脏病、尼古丁成瘾、动脉壁增厚、二型糖尿病等疾病风险的增加也与来自尼安德特人的遗传显著相关。尼安德特人不是野蛮人。他们会使用火、建造住所、缝制衣服，制造长矛狩猎野牛、披毛犀和猛犸象，制造船只在地中海航行。尼安德特人会长时间照料伤者，埋葬死者，并且有原始的宗教信仰，会吹笛子，甚至还会制造消炎药。尼安德特人在洞穴里绘制精美的岩画，同时还使用贝壳做装饰，用颜料来化妆。有学者认为尼安德特人可以使用语言，但因为发声部位解剖结构的问题，发不出某些元音。
众所周知，这是一张描绘人类进化历程的图。对一个没有特殊古人类学知识的普通人来说，最左侧画的就是猿猴，画上的最右侧是我们现代人。这让我们从本能上认为，人类的进化就是从猿猴开始，经过中间一个接一个的进化阶段，最终变成了现代人。但是，进化并不是这样，像一条锁链，一环扣一环的。探索人类进化这项工作中的一个重要环节就是为人类建立自己的家谱。不用说，和普通的家谱一样，也应该是一个树状的、发散的家谱，而不是一条直线的家谱。无论《进步的行进》这幅画的本意如何，但这种不管三七二十一就把发现的七大姑八大姨全部一股脑放在画里，让他们排排站齐步走的做法，给人的印象就是人类的家谱就是这样一条直线。实际上，进化应该用一棵树，而不是一根线来表示，科学家们也花了很久才认识到。最初，在达尔文的提示下，人们认为人类就是由现代的猿类进化而来，于是希望找到人类和猿类之间“缺失的一环”。这样，人们每发现一件似乎介于猿类和人类形态之间的化石，就宣布自己找到了这“缺失的一环”。后来，随着化石的发现越来越多，人和猿之间缺失的似乎并不止一环，而是很多环。于是，人们就想当然地将这些化石按照时间的先后顺序排起来。但这样还是无法解决问题，因为其中很多生活时代很近的化石，形态却相差非常大。
