根据2018年新《个人所得税法实施条例》第十五条第二款的规定，取得经营所得的个人，没有综合所得的，计算其每一纳税年度的应纳税所得额时，应当减除费用六万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。专项附加扣除在办理汇算清缴时减除。
例4-1?计算
好再来饭店是一家从事餐饮服务的个人独资企业，其投资者为中国公民张某。2019年全年实现收入100万元，成本60万元，期间费用及税金等37.35万元，其中支付投资者本人的工资7万元，没有其他纳税调整事项。当年已预缴个人所得税5000元。
张某当年没有其他经营所得。
张某当年还从A公司取得工资收入12000元/月，按规定每月缴付“三险一金”2000元，没有专项附加扣除和依法确定的其他扣除项目。
要求：计算张某所得应缴纳的个人所得税。
【解析】1.综合所得应纳个人所得税的计算。
应纳税所得额：12000×12-60000-2000×12=60000（元）；适用税率10%，速算扣除数为2520，应纳综合所得个人所得税为：
60000×10%-2520=3480（元）。
2.经营所得应纳税额的计算。
第一，计算独资企业层面的所得：100-60-37.35+7=9.65（万元）。
第二，计算投资者层面的经营所得：
根据2018年新《个人所得税法实施条例》第十五条第二款的规定，取得经营所得的个人，没有综合所得的，计算其每一纳税年度的应纳税所得额时，应当减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。专项附加扣除在办理汇算清缴时减除。
因张某2019年有综合所得，已从综合所得中扣除减除费用6万元、专项扣除，没有专附加扣除以及依法确定的其他扣除。因而，张某全年应纳税所得额为96500元。
第三，计算投资者年终汇算清缴时全年应纳的经营所得个人所得税：96500×20%-10500=8800（元）。
由上述计算可知，张某汇算清缴应补个人所得税为：8800-5000=3800（元）。
1.商业健康保险支出的扣除
根据《财政部国家税务总局保监会关于将商业健康保险个人所得税试点政策推广到全国范围实施的通知》（财税〔2017〕39号）第一条的规定，对个人购买符合规定的商业健康保险产品的支出，允许在当年（月）计算应纳税所得额时予以税前扣除，扣除限额为2400元/年（200元/月）。单位统一为员工购买符合规定的商业健康保险产品的支出，应分别计入员工个人工资薪金，视同个人购买，按上述限额予以扣除。2400元/年（200元/月）的限额扣除为个人所得税法规定的减除费用标准之外的扣除。
适用商业健康保险税收优惠政策的纳税人，是指取得工资薪金所得、连续性劳务报酬所得的个人，以及取得经营所得（2018年12月31日以前为个体工商户生产经营所得、对企事业单位的承包承租经营所得）的个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业个人合伙人和承包承租经营者。根据《国家税务总局关于推广实施商业健康保险个人所得税政策有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第17号）第一条的规定，取得工资薪金所得、连续性劳务报酬所得的个人，以及取得个体工商户的生产经营所得、对企事业单位的承包承租经营所得的个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业个人合伙人和承包承租经营者，对其购买符合规定的商业健康保险产品支出，可按照财税〔2017〕39号文件规定标准（2400元/年，200元/月）在个人所得税税前扣除。
2019年1月1日新《个人所得税法》实施后，取得综合所得的个人，以及通过个体工商户、个人独资企业、合伙企业取得经营所得的居民个人，发生符合规定的商业健康保险支出的在限额2400元/年内据实扣除。
2.税收递延型商业养老保险支出
根据《财政部税务总局人力资源社会保障部中国银行保险监督管理委员会证监会关于开展个人税收递延型商业养老保险试点的通知》（财税〔2018〕22号）第一条第（一）项第1点的规定，取得个体工商户生产经营所得、对企事业单位的承包承租经营所得的个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业自然人合伙人和承包承租经营者，其缴纳的保费准予在申报扣除当年计算应纳税所得额时予以限额据实扣除，扣除限额按照不超过当年应税收入的6%和12000元孰低办法确定。
根据《国家税务总局关于开展个人税收递延型商业养老保险试点有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2018年第21号）第一条第（二）项的规定，取得个体工商户的生产经营所得、对企事业单位的承包承租经营所得的个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业自然人合伙人和承包承租经营者，其购买的符合规定的养老保险产品支出，在年度申报时，凭税延养老扣除凭证，在规定的扣除限额内据实扣除，并填报至《个人所得税生产经营所得纳税申报表（B表）》的“允许扣除的其他费用”行（需注明税延养老保险），同时填报《个人税收递延型商业养老保险税前扣除情况明细表》。
计算扣除限额时，个体工商户业主、个人独资企业投资者和承包承租经营者应税收入按照个体工商户、个人独资企业、承包承租的收入总额确定；合伙企业自然人合伙人应税收入按合伙企业收入总额乘以合伙人分配比例确定。
实行核定征收的，应当向主管税务机关报送《个人税收递延型商业养老保险税前扣除情况明细表》和税延养老扣除凭证，主管税务机关按程序相应调减其应纳税所得额或应纳税额。纳税人缴费金额发生变化、未续保或退保的，应当及时告知主管税务机关，重新核定应纳税所得额或应纳税额。