二者各有各的特点，评价好与不好和个人的观点和角度不同，下面介绍一下二者的主要区别：
一、学校历史不同
1、湖南农业大学
湖南农业大学办学起始于1903年10月8日创办的私立修业学堂，历经湖南省私立修业高级农业职业学校、湖南省立修业农林专科学校、湖南农学院等阶段。1951年3月，湖南省立修业农林专科学校与湖南大学农业学院合并组建为湖南农学院，1994年3月更名为湖南农业大学。
2、南华大学
南华大学是由原隶属国家核工业部的中南工学院与原隶属湖南省的衡阳医学院于2000年5月合并组建的多科性大学（1958年建校）。2002年10月，原隶属国家核工业部的核工业第六研究所并入南华大学。
二、学校规模不同
1、湖南农业大学
截至2020年3月，学校占地面积2.27平方公里，建筑面积104万平方米，设有20个学院，有专任教师1392人，在校普通全日制本科生28749人。
2、南华大学
截至2020年，学校有红湘和雨母两个校区，设有直属学院18个，全日制本科生35000余人，校本部有教职工2316人。
三、院系设置不同
1、湖南农业大学
农学院、植物保护学院、园艺学院、资源环境学院、公共管理与法学学院等20个学院。
2、南华大学
机械工程学院、电气工程学院、衡阳医学院、土木工程学院、化学化工学院、核科学技术学院等18个教学学院。
四、学校特色不同
1、湖南农业大学
省部共建大学（2012年）、2011计划（2012年）、卓越农林人才教育培养计划（2013年）、中西部高校基础能力建设工程（2012年）、国家级一流本科专业建设点（2019年）。
2、南华大学
工业和信息化部、国防科技工业局、中国核工业集团公司、中国核工业建设集团公司与湖南省人民政府共建高校、卓越工程师教育培养计划高校（2011）、卓越医生教育培养计划项目试点高校（2012）、国家环境保护培训基地（2016）、中西部高校基础能力建设工程（二期）（2016）、教育部首批“新工科”研究与实践项目（2018）。
五、主要奖项不同
1、湖南农业大学
第三届全国文明单位 、第一届全国文明校园 、教育部本科教学工作水平评估“优秀”高校。
2、南华大学
国家级科技奖励12项（截至2019年6月20日）、省部级科技奖励300多项（截至2019年6月20日）
全国创新创业典型经验高校（2018年）、全国毕业生就业典型经验高校（2014年）、全国青年就业创业教育先进集体（2011年）。
参考资料来源：百度百科-湖南农业大学
参考资料来源：百度百科-南华大学