根据上述职责，市政府办公厅设15个内设机构和北京市突发事件应急委员会办公室(简称市应急办)、北京市人民政府督查室(简称市政府督查室)、北京市人民政府对外联络服务办公室(简称市政府外联服务办)。
(一)秘书一处。
负责文电接收、分办、运转、分发工作；负责档案归档、管理、利用工作；负责印鉴管理工作；负责机关保密工作。
(二)秘书二处。
负责社会事业和社会发展等方面的文电办理工作；负责有关市政府领导同志协调会议和交办事项的联络服务工作，以及有关事项的督查工作。
(三)秘书三处。
负责综合经济等方面的文电办理工作；
(四)秘书四处。
负责产业经济和“三农”等方面的文电办理工作；
(五)秘书五处。
负责城市建设和城市管理等方面的文电办理工作；
(六)值班室。
负责协助安排市政府领导同志的重要政务活动；参与全市性大型活动的组织工作；协助安排中央领导同志及其他省市领导同志来本市的公务活动。
(七)会议处。 负责市政府全体会议、市政府常务会议、市政府专题会议的会务工作，以及会议决定事项的督查工作；负责以市政府名义召开会议的组织工作。
(八)信息处。 负责向国务院办公厅和市政府报送信息的工作；负责领导同志在《昨日市情》等所编印信息刊物上批示的督促办理工作；负责北京市在直接关系群众生活方面拟办的重要实事和市政府折子工程的起草编制工作。
(九)联络处。
负责联系人大、政协以及北京市人民政府参事室(北京市文史研究馆)的相关工作；负责组织协调市政府有关部门办理人大议案、建议和政协建议案、提案等。
(十)交际处。
负责市领导同志的重要政务活动服务工作；负责中央领导同志及其他省市领导同志来本市的接待服务工作；根据中央有关部门的要求，参与重要会议的服务工作；参与全市性重要会议的服务工作。
(十一)北京市政府信息公开办公室。
组织编制市政府信息公开指南、目录和年度工作计划；协调组织市政府主动公开的政府信息发布和保密审查；依法协调受理公民、法人或其他组织提出获取市政府信息的申请；协调本市政府信息公开渠道的建设和完善；协调组织澄清虚假或不完整的信息，受理不依法履行政府信息公开义务的投诉举报；组织相关宣传和培训工作。
(十二)行政办公室。 负责市政府机关后勤服务的协调和管理工作。
(十三)财务处。 承担机关及所属单位的财务、资产管理工作；负责部门预决算编制及日常核算管理；组织实施内部审计及财务监督。
(十四)基建房管处。 负责市政府机关办公用房和职工宿舍的管理工作。
(十五)人事处(办公室)。
负责机关及所属单位的人事、机构编制、外事、队伍建设、教育培训和离退休等工作；组织协调机关内部日常政务和事务工作。
市应急办(设应急指挥处、预案管理处、综合信息处、宣教动员处、技术通信处)为市应急委的常设办事机构，挂北京市人民政府总值班室和北京市应急指挥中心的牌子。
应急指挥处(与值班室合署办公)负责指导、监督、检查市政府系统和应急管理系统的值守应急工作；协助市应急委领导同志指挥处置突发事件；负责协调、指导市级应急抢险救援队伍、资金、物资和避难场所的建设和管理工作；承办应急管理相关会议、活动。
预案管理处 负责组织修订、审核市级应急预案，并指导检查各部门、各区县应急预案管理工作；负责督促检查应急演练工作；负责协调、指导本市应急管理体制建设工作；组织开展本市突发事件的风险评估和隐患排查工作。
综合信息处 负责突发事件信息报送的管理工作；收集汇总城市运行和应急管理信息，发布突发事件预警信息；承办市政府系统和应急管理系统相关文电工作；联系市应急委专家顾问组。
宣教动员处 负责突发事件应对和应急管理的宣传、教育、培训和社会动员工作；会同有关部门管理和协调突发事件的新闻报道工作；组织应急管理的国内外交流与合作。
技术通信处 负责制定应急管理技术系统建设规范，组织协调技术系统建设和管理；负责本市城市运行和应急指挥平台的管理和维护；指导监督各区县、各专项应急指挥部和相关部门应急指挥平台的建设和管理工作。
市政府督查室(设决策督查处、专项督查处)。
决策督查处 负责市政府重大决策、重要工作部署执行情况、市政府重要文件确定事项、市政府重要会议议定事项的督促检查、反馈和协调工作。
专项督查处 负责市政府主要领导同志批示、指示和交办事项的督促检查、反馈和协调工作；负责国务院领导同志有关批转事项的督促检查、反馈和协调工作；负责联络、协调和督办落实北京城市服务管理广播涉及政府部门的相关工作。
市政府外联服务办(设外联处、军事处、综合协调处)。
外联处 负责中央国家机关、中央在京企事业单位和其他省市的综合协调服务工作；负责与中央国家机关、中央在京企事业单位和其他省市日常联系和交流工作。
军事处 负责联系驻京部队和北京卫戍区；办理市领导同志交办的其他涉及军事的事项。
综合协调处 负责协调建立为中央国家机关、中央在京企事业单位和其他省市的综合协调服务机制；指导协调本市有关部门和区县对中央国家机关、中央在京企事业单位和其他省市开展相关服务工作，并督促检查工作落实。
机关党委 负责机关及所属单位的党群工作。
工会 负责机关及所属单位的工会工作。
