一、谨慎过头。
陈寿在《三国志》中评论诸葛亮“于治戎为长，奇谋为短，理民之干，优于将略”，诸葛亮用兵方面并没有演义里面说的那么神。
《晋书》中记载有司马懿对诸葛亮的评价“亮虑多决少”，《三国演义》九十五回说“司马懿引二十万军，出关下寨，请先锋张郃至帐下曰：‘诸葛亮平生谨慎，未敢造次行事。若是吾用兵，先从子午谷径取长安，早得多时矣。他非无谋，但怕有失，不肯弄险。……’”。
看起来诸葛亮的谨慎至甚是事实，这从他与司马懿的几次交锋来看，诸葛亮用兵的原则就是谨慎当先，他摆空城计一事在历史上肯定是没有的，可想而知谨慎的诸葛亮不会这样“玩火”。
谨慎在为人处世方面可能还能有其积极的意义，但行军打仗却未必管用，以少胜多的战例往往都是指挥员敢于冒一定风险取得胜利。
用兵打仗时谨慎固然能减少损失，但过度谨慎常常会贻误战机，考虑太多就会踯躅不前。古今中外都能找到这样的例子，总而言之诸葛亮算不上一个军事家。
二、事必躬亲。
《三国志》中对诸葛亮事无巨细必亲自过问大加赞赏，认为这是他鞠躬尽瘁的真实写照。诚然诸葛亮是很有职业道德的，一篇《出师表》就可以看出他对蜀的忠心耿耿。
然而可悲的是他不是一个会抓工作重点的领导，事必躬亲犯了大忌。人的精力是有限的，诸葛亮不是神，即使他再有能力，将所有的事都自己包揽也会透支光他的精力和体力，事实上他也是这样活活的累死的，才五十四岁，并不算大。
三、用人不善。
在诸葛亮的一生当中错过了这样的三个大将，没有将他们用在合适的地方，才让蜀国走向灭亡，
刘封是刘备的养子，有武艺，力气过人，累立战功。曾率军与诸葛亮、张飞、赵云等“溯流西上，所在战克。”在刘备占领汉中后，率军沿汉江而下，占领陕西东南部及湖北西北部一些地区。和孟达、申耽等驻守在西城、上庸、房陵一带（现陕西西康、湖北房县、竹山一带）。
关羽攻打襄樊时，令刘封、孟达发兵相助，刘封和孟达以山区郡县刚刚归附，不能随意行动使它不稳定为借口推辞，不接受关羽的命令。在关羽因东吴偷袭失败后，孟达降魏。魏国派夏侯尚、徐晃攻击刘封。孟达劝刘封投降，刘封不听。申耽也投降魏国。刘封打败了，逃归成都。
刘备因关羽失败而责备刘封，这是正常的。而诸葛亮认为他刚猛，不易控制，就劝刘备借口杀了他，这就太过分了。
魏延是率自己的私人武装（部曲）加入刘备集团的，英勇善战，立有战功，很得刘备信任。在刘备自称汉中王后，选他为汉中太守，“一军尽惊”，汉中太守当时大概是除留守荆州的关羽外，最重要的驻守一方的大员了。
刘备在宴会上问魏延：“今委卿以重任，卿居之欲云何？”魏延对曰：“若曹操举天下而来，请为大王拒之；偏将十万之众至，请为大王吞之。”刘备以为说的很好。
后曾为诸葛亮北伐先锋，曾大破郭淮(应是诸葛亮北伐中最重要的胜利)。魏延“善养士卒，勇猛过人”，曾提出过子午谷偷袭长安的计策，是蜀汉这边不可多得的智勇双全的悍将。
但是刘备死后，诸葛亮对于这位大将则是没有发现他的才华，而是处处提防他，甚至将军权都交给魏延的死对头，以这种方式来气他，实在是让人们无法理解，魏延的离世也是让人们惋惜，认为此人的存在定会为蜀国的发展带来贡献。
马谡本是个颇有见地的参谋型人才，但在实战上显然还缺乏经验。而孔明却偏偏一下子就把他放到一个独当一面的关键场合上去与优势魏军作战，一旦失败，就死心眼的非要杀了不可。
李严长期镇守白帝城，负责东方防务，本是个有用之才。只因一次运粮不及时，又文过饰非，就被孔明一棒子打倒，再不录用，直到最后大哭病死。
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诸葛亮除了性格上有缺陷，战略上的也有致命错误。
诸葛亮错在隆中对有战略设计，却没有抓住实现这战略的关键环节：归还荆州，吴蜀结盟。诸葛亮“兴复汉室”的想法真实、真切，他也明知单靠经营蜀汉积聚力量，然后策动军事攻伐无法达成这目的。
联吴伐魏是唯一可取的战略路线，诸葛亮也始终主张加强吴蜀联盟，但却没有认识到实现巩固的吴蜀联盟的关键环节是处理好荆州。
诸葛亮这位三国智慧第一的千古名相却的确没有掂量出荆州的份量和最佳利用，拒还荆州，逼友为敌，最终断送了原本可以成就的战略意图。荆州战略权重极大，对于蜀汉是或加或减都加乘一倍的份量。
吴国无荆州便与蜀国结怨为敌，以荆州换取与吴国巩固的政治军事联盟，灭魏复汉的前景则一片光明，得胜只是时间早晚的问题。
诸葛亮贪荆州说明他战略思维能力其实一般，作为蜀国战略的主要制订者的诸葛亮的确错了，应负全责。不还荆州是两个敌人；放弃荆州是一个强大同盟和一个敌人，而且关羽20万荆军回归西川从纯军事角度说也将蜀国的军力提升一倍。
这个帐以诸葛亮的智慧没有计算清楚不能免责，他若算清楚了，以他对刘备的影响力和刘备为人一定会采纳，从接近正史的《三国演义》看刘备有归还荆州之意。
参考资料来源：人民网——蜀汉真正灭亡的主要原因 诸葛亮不善用人
参考资料来源：人民网——毛泽东评点《隆中对》：诸葛亮战略失误在何处
2.对于人才的限制。诸葛亮辅政后，事无巨细，都要亲自过问，这看上去很令人钦佩，但无意中却限制了人才的发展。经如任免一个县官的小事，诸葛亮也要亲自处理；军中“二十罚已上皆自省览”。结果诸葛亮死后，蜀国人才青黄不接，造成“蜀中无大将，廖化当先锋”的局面。
3.用兵上的失误。“诸葛一生唯谨慎”，用兵谨慎，这是诸葛亮的优点，也是他的缺点。用兵应以慎为主，以奇为辅。奇正并用，并能建大功。时魏延曾提出自率万人，偷袭潼关，诸葛亮认为此举草率，未同意。后邓艾灭蜀，正是用偷袭之策。司马懿在给其弟司马孚来的信中说：“亮志大而不见机，多谋而少决，好兵而无权，虽提卒十万，已堕吾画中，破之必矣”(《晋书·宣帝纪》)。此话虽有夸大，但也反映了一定的事实。本回答被提问者采纳
(一）不能选拔任用才能超过自己之人
诸葛亮专政，不可能真正“任人唯贤”。虽然他从下层提拔了蒋琬、费祎、董允、杨洪等人物，但这些人比诸葛亮更谨小慎微，没有开拓进取的精神，多是些歌功颂德、保守有余的庸吏。蒋琬执政，“为尚书令”，与群僚相处，“既无戚容，又无喜色，神守举止，有如平日”，一切如旧，毫无作为，却连年晋升，直到“加为大司马”，集军政大权于一身。费祎为魏之降人所杀。杨举只是个人怀有对诸葛亮提拔的感激，也不见其在太守任上有什么作为。诸葛亮所收的姜维，在诸葛亮死后，虽与费祎“共录尚书事”，但二人矛盾很深。费祎每每“裁制”姜维的“兴军大举”。姜维“本羁旅一国，累年攻战，功绩不立”，而 朝廷昏暗，宦官黄皓弄权，竟阴谋废掉姜维，致使姜维在“自危”中不敢再还成都，继续执行诸葛亮不合实际的北伐政策，最终死于钟会之乱。
陈寿在三人“传”后“评曰”:蒋琬、费祎“咸防诸葛亮之成规，因循而不革”，姜维“黩旅，明断不周，终致陨毙”。许多史实证明，诸葛亮全凭自已的好恶用人造成了严重的后果。他不能用真正有才能特别是有可能超过自己的人，像李严、廖立、魏征等等有才有功之人，都遭到排斥打击甚至杀戮的结局。可见诸葛亮“任人唯贤”是虚，在用人上远不如“唯才是举”的曹操。
(二)不用改过自新之人
诸葛亮第四次北伐，李严负责督运粮草。李严在刘备入蜀时屡建奇功，官至尚书令，“与诸葛亮并受遗诏辅少主”刘禅，“为中都护，统内外军事”。李严派参军狐忠、督军成藩喻旨，“呼亮来还，亮承以退军”。李严闻亮退军，故作惊状，说“军粮饶足，何以便归”，又上表后主刘禅，言“军伪退，欲以诱贼与战”。诸葛亮出示李严“前后手笔书疏本末”章证，李严“辞穷情竭，首谢罪负”。此次北伐由于劳师远征，得汉中并未得民，粮草皆得从险难的蜀道运往。由于运输困难，导致“粮尽退军”。即使使用了新发明的木牛流马，也改变不了这种状况。加上天雨，运粮不济，情有可原，主要责任也不在李严。可诸葛亮厉斥李严“受恩过量，不思忠报，横造无端，危耻不办，迷罔上下，论狱弃科，导人为奸”，并以众将要求为由，撤销李严一切职务，“免官禄、节传、印缓、符策，削其爵士”，假旨严惩，将李严废为平民，“徙梓渔郡”。第一次北伐，失街亭而斩马谡，据《三国志·蜀书·马谡传》注引《襄阳记》，蒋琬为此事后来也说“天下未定而戮智计之士”，实为可惜。习凿齿亦言诸葛亮“为天下宰匠，欲大收物之力，而不量才节任，随器付业;知之大过，则违明主之诫，裁之失中，即杀有益之人，难乎其可与言智者也”。李严、马谡对于蜀汉来说，都是不可多得的人才。
(三)不注意锻炼人才
仅以诸葛亮第一次用兵博望坡为例。诸葛亮以“恐关、张二人不肯听吾号令”为由，向刘备“乞假剑印”而掌握军政大权，之后的战术分工更是让常人琢磨不定。张飞只管“纵火烧之”，关羽则“放过中军”，“纵兵袭击后军”，关平、刘封负责“预备引火之物”，赵子龙则是绝对不抵抗的“只要输，不要赢”，刘备原来的师爷孙乾则是“安排功劳簿”。这种战术完全漠视民主决策及将帅锻炼精神，取而代之的是诸葛亮的个人专断。这无疑导致了后来蜀汉政权内部对诸葛亮个人的绝对依赖，广大谋士及将士缺乏谋略的锻炼，难以成为蜀汉政权所用的后续人才。
2：发掘人才以及用人方面有问题。用马谡就不说了。几次北伐都是用刘备那些老本，身边的将领不是刘备心腹就是追随刘备多年的，等这些人一死，就蜀中无大将，廖化为先锋了。问题是偌大的蜀中就真的穷到没有大将人才的地步了吗？还是亮哥没发掘到？在这方面亮哥比刘皇叔差远了。
3：作战方针有问题。魏国和蜀国相比孰强孰弱一目了然。但亮哥的作战方针就是正面推进，虽然占了一些便宜，但魏国方面无伤大碍。敌强我弱的时候应该出奇制胜，不能正面死磕。后来魏灭蜀的时候正是出奇制胜一战成功。
4：身后事安排不周。知道魏延的性格，还下发了一道埋下祸根的遗命，致使魏延和杨仪内讧，双双身死。姜维后来又在朝廷上遭到诸葛瞻（诸葛亮的儿子）的排挤。
1.诸葛亮勤于思考，注重革新军械、装具。研制了一发十矢连弩和适应山区运输的木牛流马等作战工具。并改进钢刀，增强了蜀军战斗力。好兵法，推演阵法作“八阵图”，为后世传扬。
2.在治军方面，诸葛亮重视部队的节制和训练，主张以法治军，讲究为将之道。
3.作战时，诸葛亮用兵力主审时度势，谨慎从事；每战力求速决；重视后勤，常年派官兵千余整修都江堰，确保军粮生产；每次退却时都十分慎重，采取在山地设伏等手段，以掌握主动，保证安全。
4.战略上，诸葛亮未出世便知天下三分，他在《隆中对》对当时形式的分析可谓高瞻远瞩；而且善观大势，始终坚持联吴抗曹，致蜀汉得与魏、吴鼎立。
【诸葛亮的缺点】
1.用人上的失误。首先是让关羽镇守荆州，关羽性格高傲，刚而自矜，有勇无谋。关羽失荆州，使诸葛亮在《隆中对》中两路出兵北伐的设想变空，并使蜀国在今后的战争中始终处于背动地位。其次是用马谡守街亭，马谡自幼熟读兵法，好论军计，甚为诸葛亮所器重。但刘备觉得马谡言过其实，临终时曾对诸葛亮说:“马谡言过其实，不可大用，君其察之？”诸葛亮却不以为然，还经常同他谈论兵法，有时通宵达旦。丧失街亭，使诸葛亮的主力侧翼受威胁，整个作战计划遭到破坏，被迫撤军。
2.对于人才的限制。诸葛亮辅政后，事无巨细，都要亲自过问，这看上去很令人钦佩，但无意中却限制了人才的发展。经如任免一个县官的小事，诸葛亮也要亲自处理；军中“二十罚已上皆自省览”。结果诸葛亮死后，蜀国人才青黄不接，造成“蜀中无大将，廖化当先锋”的局面。
3.用兵上的失误。“诸葛一生唯谨慎”，用兵谨慎，这是诸葛亮的优点，也是他的缺点。用兵应以慎为主，以奇为辅。奇正并用，并能建大功。时魏延曾提出自率万人，偷袭潼关，诸葛亮认为此举草率，未同意。后邓艾灭蜀，正是用偷袭之策。司马懿在给其弟司马孚来的信中说:“亮志大而不见机，多谋而少决，好兵而无权，虽提卒十万，已堕吾画中，破之必矣”(《晋书·宣帝纪》)。此话虽有夸大，但也反映了一定的事实。
呵呵，优点3条，缺点3条也。