一、结石复发，
肾结石体外碎石后很容易造成结石的复发，因为碎石只是将结石击碎，没有将形成结石的根源去除，或着留下的部分残余结石未完全排尽，以及碎石嵌顿于粘膜所致。
二、便血，
如碎石时，胃肠道积气过多，冲击波损伤消化道粘膜会引起肠壁出血，一般出血轻微，可不需特殊的治疗便可自愈。
三、肾脏的损害，
体外碎石是通过瞬间强烈的震波来达到碎石的目的，对肾脏的损害多发于肾脏皮、髓质交界处，常为小血管破裂出血。肾脏损伤程度与冲击次数、频率成正比，高冲击次数和频率对肾脏损害较大。
四、血尿
肾结石体外碎石手术后可能有血尿的症状，几乎所有病人都会出血程度不同的血尿，血尿的产生是在碎石过程中结石与周围组织粘膜摩擦引起粘膜破损，结石碎片在排除移动时轻微划破粘膜，还有碎石引起的水肿、出血等原因引起。
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