明清两代，因为兵部下辖4部门，当时各分管各地驻军的粮草，军队的调动以及军队官员的任命还有一个类似参谋部的衙门。
司马：古代职官名称。马在中国古代的战争中占据重要地位，春秋以前的职业化军队主要由贵族出身的子弟组成，战争方式主要是战车的列阵对阵冲锋，而古代的战车是由马拉的，所以马的地位极其重要。
形容哪个国家军力强盛，就称呼它为千乘之国、万乘之国之类的，由于这层关系，司马其实是专门负责管马匹的官，是非常重要的军职。殷商时代始置，位次三公，与六卿相当，与司徒、司空、司士、司寇并称五官，掌军政和军赋；春秋、战国沿置；
汉武帝时置大司马，作为大将军的加号；后亦加于骠骑将军；后汉单独设置，皆开府；隋唐以后，为兵部尚书的别称。
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职能
“司马”作为西周国家军事行政部门的首脑、政权机构的主要职官，其职能可概括为如下几个方面：
1、管理军赋
国家的军赋，在周代包括兵役和军用物资。司马管理军赋，并不是只掌管其使用，而是从制定军赋标准到征收运送，直至调配使用均由其负责。
2、组织军训
西周时的军事训练的内容和方式与后世有所不同，有着自己显著的特点，即周代的军事训练不是由统帅军队的将领进行经常性的训练，而是由军事行政部门——司马在农闲时定期组织服役人员进行临时性的训练，这也是由奴隶制时代民兵制度所决定的。
3、执行军法
“司马”作为全国军队的最高管理官，除管理国家军赋和组织军事训练外，还是军法的执行者。
参考资料来源：百度百科-兵部尚书
参考资料来源：百度百科-司马
隋、唐两代州、郡、府佐吏有司马一人，位在别驾、长史之下。隋唐以后，司马为兵部尚书的别称。
司马始置于殷商时代，位列三公，与六卿相当，与司徒、司空、司士、司寇并称五官，掌军政和军赋；春秋、战国沿置；汉武帝时置大司马，作为大将军的加号；后亦加于骠骑将军；后汉单独设置，皆开府；隋唐以后，为兵部尚书的别称。
大司马位列三公，三公在古代朝廷中是最尊显的三个官职。西汉今文经学家据《尚书大传》、《礼记》等书以为三公指司马、司徒、司空。司马主天，司徒主人，司空主土，是为三公。
西汉末至东汉初，以大司马、大司徒、大司空为三公。至汉光武帝建武二十七年，省大司马，又置太尉，以太仆赵熹为之，而与司徒、司空为三公。
汉献帝初，刘虞、李傕为大司马，而太尉如故，二职始两置矣，大司马位在三公之上。汉制，三公府分部九卿，太尉所部太常、卫尉、光禄三卿。
汉献帝建安十三年，省三公官，置丞相。魏初又置，而兼置大司马，大司马一般由大将军升迁而来。
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司马职能
1、管理军赋。国家的军赋，在周代包括兵役和军用物资。如《汉书·食货志》所说古者“赋共车马、甲兵、士徒之役，充实府库赐予之用”，这里的“士徒”指服兵役的将士和徒兵，“车马、甲兵”则为军需物资。
2、组织军训。在原始社会末期，氏族武装临时召集，作战人员未经训练而应战，其作战方式十分简单，作战的技巧来自狩猎经验的积累。夏商时期军队也多是临时召集，同样也没有形成一套训练体制，只是通过田猎来提高军队的作战技能。
3、执行军法。“司马”作为全国军队的最高管理官，除管理国家军赋和组织军事训练外，还是军法的执行者。
4、他还必须与主管人民的司徒和主管工程建设的司空协作，从事“书土田，度山林，鸠薮泽”等大量非军事的工作，这些工作也是其职能的重要组成部分
参考资料来源：百度百科-司马
本回答被网友采纳【司马】西周开始设置，春秋、战国时沿用，掌管军政和军赋。汉武帝时废除太尉设置大司马，后世用作兵部尚书的别称，侍郎则称少司马。汉代大将军营五部，部各设置军司马一人。魏晋至宋代，司马均为军府之官，在将军之下，综理一府事务，参与军事计划。隋、唐两代州、郡、府佐吏有司马一人，位在别驾、长史之下。明、清两代称府同知为司马。《琵琶行(并序)》：“元和十年，予左迁九江郡司马。”九江郡，隋代设置，唐代叫江州或浔阳郡，治所在现在江西省九江市。“司马”是州刺史的别称，当时实际上是闲职。本回答被提问者采纳