我目前使用两个方法:
推荐1: iannotate。我一般看pdf都用这个app在ipad上做笔记,它可以与不少云盘同步,而且不需要占据本地空间。而且可以直接通过app浏览云盘文件,不倒腾。当然这个软件没有电脑版,但你可以在电脑上用别的软件打开文件,修改,直接也就同步到云端了,很方便。
推荐2:最近我用了比较多的Papers。它需要设置一下,但也可以通过dropbox实现电脑和ipad的同步,文件管理功能强大,而且可以像Endnote或者Zotero一样实现即时引用,生成bibliography。缺点是标注和笔记功能不太强。
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