菏泽盐业公司的组织机构包含了多个职能和经营性部门，以确保公司的高效运作。首先，公司行政管理方面设有办公室、财会科、政工科、人事劳资科和纪检监察室，负责公司的日常管理和决策支持。
在盐务局的职能科室中，盐政科扮演着重要角色，它包括菏泽市盐政稽查支队，下辖五个执法大队，主要负责盐业的监管和执法工作。
在经营性部门，公司设有食盐专营科，负责食盐的经营工作，以及生产用盐经营科，负责生产用盐的销售。此外，非盐产业科则负责商贸物流业务，拓展公司的多元化经营。置业管理办公室则归属于置业发展分公司，可能涉及房地产业务的管理。
直属单位方面，公司拥有一分公司（菏泽市盐务局直属一分局），二分公司（保留东明县盐务局和定陶县盐务局的牌子），三分公司（保留成武县盐务局和单县盐务局的牌子），曹县分公司、郓城分公司、巨野分公司和鄄城分公司，这些分公司分别对应着各自区域的盐务管理。
最后，公司还有物业管理服务中心，负责公司的后勤和设施管理。这些部门的设置，共同构建了菏泽盐业公司完整的组织架构，确保了各项业务的有序进行。
菏泽盐业公司为山东省盐业集团有限公司（原山东省盐业总公司）的直属企业和独立核算、自负盈亏的企业法人实体组织，依法从事本行政区域内的盐资源开发、利用和盐产品生产、加工、储运、批发经营业务，现有七个分公司，干部职工近1000人。同时加挂菏泽市盐务局牌子，事业单位性质，处级建制，负责本行政区域内的盐业行业管理、盐政执法和食盐专营的行政管理工作，隶属于山东省盐务局。