首先是因为他们双方彼此之间关系的亲疏，其次的话，李善长的军功的确是十分的显赫的，而且李善长他有宰相的才能。所以综合这几点来说李善长的地位就比刘基要高一点了，所以他们一个封公，而一个人只能封伯了。
根据明朝的史书记载，李善长在年少的时候就喜欢读书，而且不时的会有妙计流传出来，所以说李善长是一个足智多谋的人。而且李善长虽然长朱元璋14岁，但是因为朱元璋和他两个人都在临县，而李善长投靠的时间又长，所以说李善长和朱元璋的关系非同一般，朱元璋非常的尊敬他这位年长他14岁的大哥，而李善长也一心一意的辅佐朱元璋，所以说李善长才会获得这么高的地位。
而且李善长获得这样的地位也不仅仅是虚名而已，李善长一身军功还是十分显赫的，虽然他是一个文人，但是他却有军功的。在朱元璋攻破河州的时候，朱元璋率军亲征，在河州城兵力匮乏，很多的老弱病残，所以没有办法召集很多的人马来和敌军战斗。而当时的李善长知道了这个事情过后他主动出击，就紧紧靠着这些城中的老弱病残而埋伏干掉了援军，所以说这场战争十分重要，而也是因为这场战争使得李善长获得了很大的功劳。
而李善长他也是一个十分有威望的人，他能够调合个个将领，他是拥有宰相之才的人，而且他在出谋划策的时候非常的谨慎，能够将后勤都想得很周到。所以他和刘基相比还是更加的优秀的。所以综合这几点来说的话，在朱元璋的心中李善长的地位就比刘基的地位要高了。
朱元璋将李善长比作萧何，刘基比作张良，之所以后来一个封公，一个封伯，其实也是按照军功来的，刘基虽然给朱元璋在战略上出了很多策略，但是他一直都是谋士的身份，没有显著的军功，而李善长不一样，不仅军功显著，而且还和朱元璋是姻亲关系。
明太祖朱元璋曾经把自己的三位肱骨之臣，刘基，李善长还有徐达比喻成萧何，张良还有韩信，以此来表示他们的勋功卓著，但是后来在建立朝廷之后，对有功之臣进行封赏的时候，李善长被封为了韩国公，俸禄四千石，而刘基却被封为诚意伯。
朱元璋之所以这样厚此薄彼，其中的一个原因就是因为李善长投靠他的时间比较早，两个人的关系比一般，已经超越了君臣，早年朱元璋跟着郭子兴干的时候，看朱元璋越来越有威望，就想夺了朱元璋的兵权，借口要把李善长给调走，当时李善长是属于升职了，但是因为要离开朱元璋，两个人还挥泪不舍，足以看出两个人的感情有多么深厚。
但是刘伯温不一样，虽然他帮助朱元璋开国，也给朱元璋出了很多策略，但是，刘伯温加入朱元璋的时候，朱元璋的实力已经很厉害了，所以，刘伯温和朱元璋的关系没有李善长的好，而且朱元璋的女儿还嫁给了李善长的儿子，两个人还是姻亲的关系，所以更近了一步。
李善长的军功大，他给朱元璋解决了很多后顾之忧，帮助朱元璋巩固了势力范围，但是刘伯温只是给朱元璋提供了战略上的策略，虽然他也是很严明法纪，不徇私枉法的，但是他一直都是谋士的身份，并没有什么显著的军功。
花开无田
导语：刘邦曾经评价自己的股肱之臣张良、萧何、韩信时说道： 夫运筹帷幄之中，决胜千里之外，吾不如子房；镇国家，抚百姓，给饷馈，不绝粮道，吾不如萧何；连百万之众，战必胜，攻必取，吾不如韩信。更是直言，三人能够为其所用，才是他能够取得成功的依仗。
明太祖朱元璋也曾经将自己的三位股肱之臣刘基、李善长、徐达比作自己的张良、萧何、韩信，以此来表彰他们的功勋卓著。但是一个很有意思的问题是，在洪武三年（1370年），朱元璋建立明朝之后大封功臣之时，李善长却排在开国六公爵第一位，被封为韩国公，岁禄四千石，世袭罔替；而被称为张良的刘基，则仅仅被补封为诚意伯，岁禄二百四十石，还不能世袭。那么又是何种原因导致朱元璋会对自己的张良、萧何“厚此薄彼”呢？
第一 双方关系之间的亲疏
与刘基的能谋善断相比，事实上李善长也是不遑多让。《明史·李善长传》记载，李善长“少读书有智计，习法家言，策事多中”。也就是说李善长也是足智多谋之辈。而且与刘伯温相比，李善长还有一个巨大的优势，虽然李善长年长朱元璋14岁，更有君臣之名，但是因为二人地处临县，李善长又早早投靠，二人之间的关系匪浅，远超君臣。早年郭子兴眼见朱元璋不断取胜，威望日盛，便有了猜忌之心。便打算剥夺朱元璋的兵权，并借口将李善长调离，辅佐自己。按说，李善长乃是升迁，却与常人不同的是李善长听闻后，一时间泪如雨下；而朱元璋听闻后也是感动落泪。一个“里中长者”堂堂七尺男儿能够挥泪不舍，也能看出二人之间的感情。
而刘伯温虽然助明开国，给予朱元璋正确的意见，但事实上，以后刘伯温加入之时，朱元璋实力已然强大，这也导致了与朱元璋的关系之上，李善长明显更加亲密，而且朱元璋还将长公主临安公主许配给了李善长之子李祺，二人更有姻亲之实。
第二 李善长军功斐然
虽然是文人，李善长却有军功。在朱元璋攻破和州之后，朱元璋率军攻伐，和州城兵力空虚，更多是老弱病残。而元朝大军得知消息后，率军偷袭。情况危急，一旦和州城陷落，朱元璋将首尾难顾，不成想，李善长却反其道而行之，没有选择坐以待毙，而是主动出击，设下埋伏依靠和州城内的这群老弱病残，将元军打败。
而此举也解除了朱元璋的后顾之忧，更是巩固了朱元璋的势力范围。相反，刘基虽然能够严明法纪，不徇私情，提供战略上的构想，却一直担当的是谋士的角色，并未有片尺军功。
第三 李善长有宰相之才
虽然李善长与刘伯温因为李彬案，而导致矛盾重重。李善长、胡惟庸等人更是多次构陷刘基。但是也正如刘基所说，李善长有威望，能够调和诸位将领。而李善长也正如萧何、陈平一般，在出谋划策以及后勤保障，人才举荐之上更加细致，事必躬亲，为朱元璋省去了不少心思。而性格直率，谋略出众的刘基则更适合御史一职务，如此才能人尽其才，实现朝堂之上的平衡，为大明王朝的迅速稳定奠定基础。
总结
虽然在爵位之上，李善长因功被封为开国六公爵之一，刘基只是被封为伯爵，但事实上对于明初洪武三年的封爵之中，文官也只有李善长、汪广洋、刘基被敕封，已然是对其勋爵的表彰。而刘基虽然在民间被传的神乎其神，但被封为伯爵，实则是合适的，也并没有厚此薄彼之举。
参考资料： 1 《明史·李善长传》 2 《明史·刘基传》等
李善长是安徽定远人，出身于地主。1354年，朱元璋攻打滁州的时候，李善长主动来到军营投奔朱元璋。朱元璋知道李善长在当地很有名望，于是对他非常器重。
李善长在军中主要负责内政工作，主管军队的物资供应，同时还负责考察前来投奔将领的个人能力和品行。用今天的话来说，李善长就是一家大公司的首席财务官兼人力资源总监。朱元璋集团中一切重大事务的决策，必有李善长参与。
明朝建立后，朱元璋大封功臣，李善长被授号“开国辅运推诚守正文臣”、特进光禄大夫、左柱国、太师、左丞相（明初最高官职），封韩国公，位列明朝开国六公爵之首。
刘伯温本名刘基，字伯温，处州青田县南田乡（今浙江温州文成县）人。刘伯温早年在元朝举办的科举考试中考上了进士，被任命为江西高安县丞。由于当时元朝统治阶层昏庸腐朽，刘伯温不屑随波逐流，于是愤而辞官隐居。
1360年，在朱元璋的盛情邀请下，刘伯温开始加盟到朱元璋集团中，并成为朱元璋的重要谋臣。刘伯温向朱元璋提出了“时务十八策”，其意义堪比三国时期诸葛亮向刘备提出的“隆中对”。之后，刘伯温辅佐朱元璋先后攻灭了陈友谅、张士诚等势力，为朱元璋平定天下起了决定性作用。朱元璋对刘伯温的评价是：“学贯天人，资兼文武；其气刚正，其才宏博。议论之顷，驰骋乎千古；扰攘之际，控御乎一方。”
洪武三年（1370年），朱元璋大封功臣，刘伯温被授号“开国翊运守正文臣”、资善大夫、上护军，封诚意伯。
明朝爵位分为：公、侯、伯、子、男，共五个等级。作为朱元璋最为倚重的两个谋臣，为什么李善长是公爵，职位显赫，位极人臣。刘伯温却仅仅是伯爵呢？
有人认为，李善长加盟时间比刘伯温早了几年，而且那几年是朱元璋创业的关键时期，所以李善长自然应该被授予更高的职位。这种说法有一定道理，但却不是主要原因。因为刘伯温虽然加盟的时间晚，但他发挥的作用巨大。如果不是刘伯温运筹帷幄、神机妙算，朱元璋未必能如此顺利的打下大明江山。如果要说论功行赏的话，刘伯温之功并不在李善长之下。
即便是论资排辈，李善长的官职是左丞相，位列百官之首。而刘伯温是什么官职呢？资善大夫、上护军在名义上是正二品，但根本没有实际职务，就是一个闲散官职。朱元璋为什么要如此厚待李善长，却冷落刘伯温呢？
其实，李善长和刘伯温地位悬殊的最主要原因是两人所处的集团不同。李善长是安徽定远人，他和朱元璋另外两位心腹大将徐达（安徽濠州人）、常遇春（安徽濠州人）一起组成了大明王朝安徽集团的核心。朱元璋是个疑心很重的人，在他的心中早就把文臣武将按亲疏远近分成了三六九等。当年他从安徽一起带出来的那批“小伙伴”是他最依仗的肱骨之臣，也是他最信任的心腹，在开国功臣的名单上，这些人都被委以重任。而像刘伯温这样非核心集团成员，在完成了天下一统的大业之后，就只能靠边站了。
一百多年后，明朝正德皇帝认为刘伯温功勋卓著，应当予以加封，于是追封他为太师，谥号文成。本回答被网友采纳