1644年4月初,福王世子朱由菘与潞亲王朱常淓、崇亲王朱常渲和周王世孙一同南逃,5月15日,朱由菘在群臣的拥立下称帝,改元弘光。这是明朝皇室所建立的第一个南方政权,史称南明。
1645年5月,清兵渡江南下,一举攻陷南京城。弘光帝朱由菘在安徽芜湖被俘,不久之后被杀。潞王朱常淓在杭州兵败投降,至此,弘光朝廷覆灭。
弘光朝廷灭亡之后,唐王朱律键1645年6月27日在福州称帝,改元隆武,改福州为天兴府。1646年2月亲征建宁,不久被清兵越过仙霞岭长驱直入福建,朱律键被俘,拒不投降,结果惨烈殉国,隆武政权覆灭。
1646年11月18日,永明郡王朱由榔在桂林称帝,改元永历,史称永历皇帝。1664年,朱由榔被吴三桂俘虏,杀害于云南昆明。吉王、松滋王等明朝宗室死于缅甸,“诸扈从宗室无一存者。”
1646年,隆武政权灭亡后,韩王朱本铉在川鄂西山区称帝,改元定武,1664年朱本铉兵败被杀。
至于鲁王朱以海为首的政权,在郑成功的支持下辗转进入台湾,一直坚守台湾十余年,但他本人并未称帝,只是说监国。
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