两所学校本质不一样，一个是综合类大学，一个医科类大学，合并不了。
南京大学：
南京大学坐落于钟灵毓秀的金陵古都，是一所历史悠久、声誉卓著的百年名校。其前身是创建于1902年的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、国立中央大学、国立南京大学等历史时期，于1950年更名为南京大学。
1952年，在全国高校院系调整中，南京大学调整出工学、农学、师范等部分院系后与创办于1888年的金陵大学文、理学院等合并，仍名南京大学。校址从四牌楼迁至鼓楼金大原址。
南京医科大学：
南京医科大学是首批教育部、国家卫生健康委与省政府共建医学院校和江苏高水平大学建设高校。学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院。
1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。
学校设有19个学院（包含康达学院），拥有15家承担临床驻点班教学的综合性及专科性附属医院。学校校本部现有在职教职工1800多人，其中学校编制专任教师986人。有教授313人、副教授268人，有博士生导师759人、硕士生导师2477人。
学校现有中国工程院、科学院院士5人（包括双聘院士3人），美国国家医学院外籍院士1名，国家百千万人才工程8人，国家杰出青年科学基金获得者10人，国家级教学名师1人，全国优秀教师1人，全国模范教师1人， “国家级教学团队”3个，教育部“创新团队”1个。
以上参考：南京大学官网——南大简介
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第1个回答 2019-06-10
南京大学之所以不把南京医科大学合并，主要是因为南京大学的主要优势在于他的文学方面，在全国范围内都是数一数二的文化底蕴非常的深厚，而南京医科大学的主要优势在于医学方面。
第2个回答 2019-06-06
这两个学校各有特色，独立发展明显效果更好。南京大学的主要优势在于文学方面，有着深厚的文学底蕴。而南京医科大学的优势在于医学方面。两者的特色并不兼容，独立发展，更具有特色，也方便打造专业特色，当然南京医科大学也不愿意并入南京大学名下。
第3个回答 2019-06-07
南京大学是教育部直属学校。南京医科大学是江苏省重点大学。无论是从知名度还是影响力方面来说，两者都是差不多的。所以可以评为同一等级。学校的合并当然是双方都同意，经过双方的协商达成一致才行。
第4个回答 2019-06-06
其实之所以不合并的话，主要是因为他们这个合并以后比较难以管理，而且医学类跟这个南京大学的一些相关科目的话，不能够混合在一块和他一起的话就很难去理清楚，所以说为了避免这一点
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