据我所见，每一部都十分精彩，各有所好，如果实在要排我会按我自己喜欢给你排一下
1.沉默的15分钟
《沉默的15分钟》是《名侦探柯南》的第15部动画电影，也是《柯南》剧场版问世15周年的纪念作品。这部电影的舞台转到了“雪国”新潟。在覆盖积雪的大坝上，这部剧场版最新力作一定能带给观众未曾有过的新鲜体验。
2.《迷宫的十字路口》
这部剧场版能登上榜首实属预料之中，樱花纷飞、日式古典韵味浓厚的京都市本作的舞台，作者亲自到京都实地取景，浓浓的日式风格，暗号破解，连环杀人，新一的短暂登场，平次的幼时青涩爱恋，都是其他部剧场版不可比拟的。
3.第14个目标
《名侦探柯南 第十四个目标》是动画《名侦探柯南》的第二部剧场版，于1998年4月18日在日本上映。加入了小兰的父亲毛利小五郎和分居中的妻子妃英理的感情纠葛戏。华丽的布景可以说是它最大的卖点，特别是故事的高潮发生地——宏伟而神秘的海上饭店，在制作场景时，制作人员将东京以台场为中心的沿海街区真实的再现于动画中，加之以此真实地点为原型的而构造的海中摩天大厦，效果可以说是异常的浪漫动人。再加上那首由日本著名乐队ZARD演唱并被公认为《名侦探柯南》所有剧场版里最动听的主题曲——《仿佛回到少女时代》，以及其中小兰和柯南的“意外之吻”，使得此剧在日本上映时，票房接近20亿日元。
4.《贝克街的亡灵》
本作品把故事舞台设在了100多年前的伦敦，并把世纪悬案“开膛手杰克”引入其中，并给予了一个比较合理的结局，而片中涉及到的子女教育以及柯南和老爸之间深深的羁绊也是本片的一大看点。
5.天空的遇难船
日本著名推理动漫《名侦探柯南》的第十四部剧场版，于2010年4月17日在日本上映，在日本有32亿日元的票房收益。2010年7月9日在台湾上映，台湾的票房则为新台币1163万元。
6.战栗的乐谱
《名侦探柯南 战栗的乐谱》是动画《名侦探柯南》剧场版第12弹。导演依然由制作柯南动画已有10年之久山本泰一郎担任，剧本则再次由古内一成担任。在剧场版作品《战栗的乐谱》中，伴着《Ave Maria》、《Amazing Grace》（奇异恩典）等古典名曲，柯南为了查明真相而大显身手，把古典音乐和本格派推理完美融合在一起。
7.第十一个先锋
《第11个前锋》是日本动漫《名侦探柯南》第16部剧场版，小学馆成立90周年纪念作品，影片合作方为日本足球J联赛。讲述了柯南解除足球场炸弹威胁的故事。于2012年4月14日在日本公映，首周日本票房达到6亿2974万日元，成为周票房冠军。日本最终票房收入32.9亿日元，位列历史第4位。
8.绀碧之棺
《绀碧之棺》是日本动漫《名侦探柯南》第11部剧场版，2007年4月21日在日本上映。讲述了柯南等人在流传着由300年前两位女海盗留下的宝藏传说的小岛上和海底宫殿中发生的冒险故事。在日本获得25.3亿日元的票房。
9.通往天国的倒计时
《名侦探柯南 通往天国的倒计时》是日本动漫作品《名侦探柯南》的第五部剧场版。曾经是日本最受柯南迷喜欢的十部剧场版之一，中国柯谜最喜爱的五部剧场版之一。并且票选居首位，两次电视重播。青山老师在原作配合第五弹电影剧情，再次让黑暗组织出场，再让电影剧情衔接。这是继青山老师在漫画中让KID下战帖，帮忙为「世纪末的魔术师」下伏笔之后，第二次帮电影衔接剧情。
终于那些家伙全员出动，看不见出口的杀人游戏，现在，终于开始…… 危险的陷阱让时间陷入停止。 那些黑衣人的背后拥有凶恶的阴谋，这些家伙目的到底为何？？ 而且，灰原哀真正的真面目有是如何呢？雪莉在电话中说：“任务已进行完毕。” 以地面上300公尺的摩天大楼为死亡舞台，魔鬼般的手正在暗处悄悄伸向柯南！……
10.世纪末的魔术师 豆瓣：8.3 第3名 时光：8.2 第1名 日：第6名
《名侦探柯南 世纪末的魔术师》是日本著名动漫作品《名侦探柯南》的第三部剧场版动画。这部无论是从故事情节上还是从场景设置上都恢复了第一部所具有的高水准，主要内容是围绕着一颗罗曼诺夫王朝的皇室秘宝“回忆之卵”而展开的，片长99分钟，1999年4月17日在日本上映，在日本有26亿日元的票房收益，另外，此作也是历代剧场版中第一部黑白漫画化的作品。
排得好纠结啊，~~楼主全看了吧~~~
参考平分排名http://tieba.baidu.com/p/2793711467
（1997）
讲述了一个绝对对称完美主义的建筑师利用频频发生的爆炸案对柯南发起的极限挑战的故事。是一部制作得极其精良的作品，从故事情节上来说，并不是一个简单的杀人事件，而更像是美版的“虎胆龙威”以及“007”系列的综合版。在频频发生的爆炸案要求柯南必须在瞬间做出果断的抉择，同时还要时刻警惕罪犯向下一个目标发起攻击，此外柯南还必须发挥他的超级推理能力，将隐身于幕后的黑手绳之以法。全剧的推理性并不强，凶手几乎是显而易见的，它的胜利在于惊心动魄高潮迭荡的故事情节和气势宏大又充满真实感的火爆场景，当然新一和小兰之间的真情流露也是另一个不容忽视的卖点。剧中制作人员非常注重场景的真实性的表现的。高耸入云的米花大厦，气势恢宏的铁路大桥以及复古风格的儿童公园都显得是那样的美丽真实，给人一种身临其境之感。而频频出现的逼真爆破场面，更是锦上添花。而结尾处，那根连系着新一和小兰的拯救世人命运的红线触动了多少人的心啊！
.瞳孔中的暗杀者
（2000）
很有悬念的一部。剧中小兰身处案发现场，由于种种原因而失忆了。但是因为连续杀人犯在开枪时，被小兰看到了他的模样，而小兰即遭到了随时被狙击的命运！同时这件杀人案又有可能牵连警察内部，平时值得信任的刑警也被当作了嫌犯。为了唤起小兰的记忆最好的方法就是让他见到新一，但是……柯南又要如何化解这次的危机！究竟犯人是谁？会是普通小娄娄，或是为居高阶级的警察官！？柯南即将面临史上又一次最大危机！！这次的高潮部分发生在新一变小的那个游乐场，这次柯南又要一显他特工般的划板工夫了……
大看点
整个片子的基调还是比较阴暗的，大概因为被杀的是警察吧。经过前三部剧场版的铺垫，终于将兰的女主角的危险宿命发挥到顶峰！柯南一次又一次地保护失去自我保护能力的兰。其中也含有《柯南》事发当日的追忆，新一好浪漫啊！
小看点
1、新一和兰在喷水池中的那幕（可怜当晚新一就消失了……）
2、白鸟让小五郎看心理医生时，大叔说“是啊，我最近的记忆还真是……你什么意思啊！”超级搞笑，看柯南笑的样子就知道了
3、可怜的高木被大叔威胁
4、兰失忆后园子的表现，一改以往对她的印象
5、小五郎和英理的对手戏永远那么有看头。特别是英理说要做饭时各人的表情，大叔居然还说要去打麻将，寒
6、兰被推下站台时柯南跳下保护她的镜头(超棒）
7、少年侦探队和博士保护兰
8、柯南边推理边和兰逃避犯人的追杀。
9、柯南居然还会开船
10、喷水池那段
11、最后兰猛殴犯人
12、柯南表白的结果
13、哀对柯南说的很有“意义”的话
14、英理说的那句“伶牙俐齿的男人要不成”和当时柯南的喷嚏～
15、柯南那句表白“我喜欢你，比着地球上的任何一个人都要喜欢”，感动了多人啊～
《业火的向日葵》也很好看，怪盗基德也有出场。柯南这一部……
《侦探们的镇魂歌》我刚刚看完，不知道怎么形容，反正我觉得还不错😊
《银翼的魔术师》好看😊，剧中毛利兰向工藤新一（柯南用变声器让小兰误以为是新一）说：“其实我喜欢你，新一。”新兰永恒！
《绀青之拳》老好看了，怪盗基德变成了工藤新一，陪小兰泡温泉，柯南在一边吃醋（柯南在这部里被弄的挺狼狈的）
《迷宫的十字路口》和叶被绑架，柯南变回工藤新一。
《战栗的乐谱》柯南从音痴逆袭为拥有绝对音感的人。
《瞳孔中的暗杀者》小兰问柯南为什么要救她（这一部小兰失忆了），柯南说：“因为我喜欢你，我比任何人都要喜欢你。”
我自己还没全部看完，这几部是刚刚看到，还有挺深的记忆。
PS：名侦探柯南剧场版所有的都很好看。
按照顺序推荐，纯粹个人喜好。。。
一级：
瞳孔中的暗杀者
我最喜欢的一部
新兰
水平线上的阴谋
我觉得剧情最好的一部剧场版了
新兰，小五郎
通往天国的倒计时
喜欢灰原哀的话这部肯定不能不看
灰原哀
贝克街的亡灵
我看过的第一个剧场版，当时就震惊了，觉得剧场版太好看了
新兰，新一和他爸（这两方面其实一般，主要是 大家都进入游戏世界 这个主线觉得很有意思）
二级：
引爆摩天楼
新兰
银翼的魔术师
新兰，基德
第十四个目标
新兰，小五郎
三级：
迷宫的十字路口
剧情挺丰富的，就是太丰富了
世纪末的魔术师
没啥意思觉得
四级：
其他。。本回答被提问者和网友采纳