引物设计和探针设计（即荧光探针）有3点不同，相关介绍具体如下：
一、两者的用途不同：
1、引物设计的用途：用于PCR扩增技术。
2、探针设计的用途：用于标记待定的核苷酸片断，用与特异性地、定量地检测核酸的量。
二、两者的实质不同：
1、引物设计的实质：一小段单链DNA或RNA，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。
2、探针设计的实质：在紫外-可见-近红外区有特征荧光，并且其 荧光性质（激发和发射波长、 强度、寿命、 偏振等）可随所处环境的性质，如极性、折射率、粘度等改变而灵敏地改变的一类荧光性分子。
三、两者的原则不同：
1、引物设计的原则：
（1）长度：15—30bp，其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38，否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度)，从而降低产物的特异性。
（2）G十C含量：应在40%一60%之间，PCR扩增中的复性温度一般较Tm值低等于引物的Tm值减去5—10度。引物长度小于20时，其Tm恒等于4×(G十C)十2×(A十T)。
（3）碱基分布的随机性：应避免连续出现4个以上的单一碱基。尤其是不应在其3’端出现超过3个的连续G或C，否则会使引物在G十C富集序列区错误引发。
（4）引物自身：不能含有自身互补序列，否则会形成发夹样二级结构。
（5）引物之间：两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3’端的互补重叠。
（6）上下游引物的互补性：一个引物的3‘末端序列不允许结合到另一个引物的任何位点上。
（7）3’末端：如果可能的话，每个引物的3‘末端碱基应为G或C。
（8）引物应当超出限制性内切酶识别位点至少3个核苷酸。
2、探针设计原则：
（1）靶基因的确定：选择检测组共有的基因以避免检测的假阴性（漏检）。
（2）检测片段的确定：选择检测组内的保守（突变少）（避免假阴性）、组间特异的序列（突变多）（避免假阳性）作为引物探针的设计位置。片段长度70-150bp。
（3）引物：长度17-25bp;GC含量30-80%；退火温度（Tm值）58-60℃；避免稳定的引物二聚体（特别是多联检测）及发夹结构（自由能大于-3.5kc/m）；序列不能出现连续的G，3’端避免G或C，最后5个碱基内避免两个以上的G或C。
（4）探针：长度20-30bp（Taqman）或16-25bp（MGB）；GC含量30-80%；Tm值为68-70℃；避免稳定的二聚体及发夹结构（自由能大于-3.5kc/m）；5’端不能是G；位置尽量靠近上游引物；选择波长差异较大（多联检测）或Fam（单联检测）的荧光标记。
参考资料来源：百度百科-引物设计
参考资料来源：百度百科-引物设计原理
参考资料来源：百度百科-荧光探针