司马氏世代为太史，整理和论述历史。《隋书·经籍志》载：“谈乃据《左氏春秋》、《国语》、《世本》、《战国策》、《楚汉春秋》，接其后事，成一家之言。”。可见司马谈有意继续编订《春秋》以后的史事。元封元年，汉武帝进行封禅大典，司马谈身为太史令，却无缘参与当世盛事，引为终生之憾，忧愤而死，死前将遗志嘱咐儿子司马迁说：“今天子接千岁之统，封泰山，而余不得从行，是命也夫！余死，汝必为太史，无忘吾所欲论著矣……”司马迁则回答道：“小子不敏，请悉论先人所次旧闻。”可知司马迁乃秉承父亲的遗志完成史着。而《史记》以《封禅书》为其八书之一，即见其秉先父之意。司马迁是绍继《春秋》，并以汉武帝元狩元年“获麟”，撰写《史记》。司马迁的外孙杨恽经过努力，才开始流传，但到东汉时已经有了残缺。
今本《史记》一百三十卷，篇数跟司马迁自序所说的相符。但《汉书·司马迁传》说其中“十篇缺，有录无书”。三国魏张晏注：“迁没之后，亡景纪、武纪、礼书、乐书、兵书（即律书）、汉兴以来将相年表、日者传、三王余篇”，班固在《汉书·艺文志》中著录冯商所续《史记》七篇；刘知几认为续补《史记》的不只是褚、冯两家，而有十五家之多。
《史记》有两部，一部在司马迁的工作场所（宫廷）；副本在家中。在汉宣帝时期，司马迁的外孙杨恽开始把该书内容向社会传播，但是篇幅流传不多，很快就因为杨恽遇害中止。
《史记》成书后，由于它“是非颇谬于圣人，论大道则先黄老而后六经，序游侠则退处士而进奸雄，述货殖则崇势利而羞贱贫，此其所蔽也。 ”被指责为对抗汉代正宗思想的异端代表。因此，在两汉时，《史记》一直被视为离经叛道的“谤书”，不但得不到应有的公正评价，而且当时学者也不敢为之作注释。
在西汉即使诸侯都没有全版的《太史公书》，东平王向朝廷要求赏赐宫廷中的《太史公书》也遭到拒绝。因为《史记》中有大量宫廷秘事，西汉严禁泄露宫廷语，因此只有宫廷人员才能接触到该书。汉宣帝时褚少孙在宫廷中阅读该书，其中已经有些篇幅不对宫廷官员开放，到班固父子时，宣称缺少了十篇，班固家被皇室赐予《太史公书》副本，其中也少了十篇。
司马迁创作的《史记》比较广泛地传播流行，大约是在东汉中期以后。东汉朝廷也曾下诏删节和续补《史记》。《后汉书·杨终传》云，杨终“受诏删《太史公书》为十余万言”。表明东汉皇室依然不愿全部公开《史记》，只让杨终删为十多万字发表。被删后仅十余万言的《史记》，在汉以后即失传，以后一直流传的是经续补的《史记》。
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