吏部有尚书（
正二品）一人，左右侍郎（正三品）各一人，下设四个清吏司（文选、验封、稽勋、考功），每司各有郎中（正五品）一人，
员外郎（从五品）一人，主事（正六品）一人等官。吏部职权特重，为六部之首。
户部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设十三清吏司（浙江、江西、
湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南），各司有郎中、员外郎、主事等官。户部另有一些直辖机构，如宝钞提举司、印钞局、广盈库、军储仓等。
礼部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司（仪制、祀祭、主客、精膳），各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖铸印局等。
兵部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司（武选、职方、车驾、武库），各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖会文馆等机构。
刑部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设十三清吏司（分司同户部）。各司有郎中、员外郎、主事等官。
工部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司（营缮、虞衡、都水、屯田），各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖宝源局、军器局等机构。