一、两者是有区别的。会计机构包括各单位内部设置的“单位会计部门”。
会计机构是指从事会计工作的职能部门， 有广义和狭义之分：
1、广义的会计机构除指各单位的会计部门外，还包括政府财政部门管理会计工作的职能机构，负责对一定区域范围内各单位的会计工作进行指导、监督和管理。如国家财政部、省财政厅、市财政局、财政分局等。
2、狭义的会计机构是指各单位办理会计事务的职能部门，负责本单位各项经济活动和财务收支的核算，实行会计监督。如在市财政局里还会单设会计科负责本单位的会计工作。
二、有关法律规定
建立、健全会计机构、配备与工作要求相适应的、具有一定素质和数量的会计人员，是做好会计工作，充分发挥会计职能的重要保证。
《会计法》和《会计基础工作规范》对会计机构的设置都提出了要求：
1、各单位应当根据会计业务的需要，设置会计机构，或者在有关机构中设置会计人员并指定会计主管人员；不具备设置条件的，应当委托经批准设立从事会计代理记帐业务的中介机构代理记帐。
2、一个单位是否单独设置会计机构，取决于以下几个因素：一是单位规模大小；二是经济业务和账务收支的繁简；三是经营管理的要求。一般来说，大、中型企业和具有一定规模的行政事业单位，以及财务收支数额较大，会计业务较多的社会团体和其他经济组织，应单独设置会计机构。
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