截止2022年3月28日，南航共出过5次空难，分别是：
1、1990年10月2日白云机场空难：
1990年广州白云机场劫机事件：南方航空一架波音757-200客机（B-2812）准备由广州白云机场起飞前往上海。由于当时白云机场上空有一架厦门航空波音737-300 客机（B-2510）遭劫持，并要求降落，白云机场因而紧急关闭，停止所有航班升降。
此时南航当事的 B757 已上满乘客并在停机坪处等候。机场重开跑道。当被劫持的厦门航空B737降落，一切满以为事件得以解决时，厦门航空的B737 于跑道滑行时突然转入停机坪位置，并加速试图再起飞。
唯此时厦门航空的 B737 右方机翼已撞及等待起飞的南航B757客机油厢并引发爆炸，南航B757事后断开两节，厦门航空B737-300爆炸后解体，同时撞毁了停泊在停机坪的中国西南航空公司的一架 B707 客机（B-2402），意外造成南航客机上46人死亡，厦门航空客机82人死亡的惨剧。
2、1992年11月24日92南航桂林空难（南航空客A319）：
南航编号为B-2523的波音737-300客机在执行CZ3943号由广州飞往桂林的航班时，在飞机下降过程中因为右侧发动机自动油门失灵，而飞行员没有及时介入人工操纵导致左右发动机推力不平衡，最后飞机向右滚转，在广西桂林阳朔撞山后粉碎性解体，机上141人全部罹难，当中亦包括香港人，这是中国民航历史上第二最惨痛的事故。
也是波音737-300第三次发生坠机事故，更是历来涉及737-300型客机的第二严重事故，仅次于2003年发生的闪光航空604号班机空难。
3、1997年5月8日97南航5.8空难：
南航一架波音737-300客机 B-2925 于执行由重庆飞往深圳的 CZ3456航班，于暴雨的恶劣环境下降落深圳机场时失败坠毁，造成35人死亡，74人受伤。 其中9名机组成员2死，6轻伤，以及重伤1人。
4、2008年3月7日
南方航空CZ6901班机从乌鲁木齐飞往北京的航班，在起飞二小时后机上有人企图劫持客机，制造空难，被机组人员及时制止，航机及后紧急降落兰州中川机场，全部人无恙。
5、2015年11月21日
南方航空CZ6483航班，早8:25分在沈阳桃仙机场起飞后，乘务员广播通知旅客发现“挡风玻璃裂痕”，需要临时备降青岛机场。上午10时许，班机安全着陆，乘客正在机内等待进一步通知。 上午10时25分，乘客被告知，带着全部物品下机等待。
以上内容参考 百度百科－南航
1990.10.02：CZ 2812，机型：波音757-21B，广州 - 上海，死亡46人
1992.11.24：CZ 3943，机型：波音737-3Y0，广州 - 桂林，死亡141人
1997.05.08：CZ 3456，机型：波音737-31B，重庆 - 深圳，死亡35人。
1990年10月2日，在厦门航空开往广州白云机场的波音737客机上，名字叫蒋晓峰的男子闯入驾驶室，声称携带爆炸物，企图胁迫飞行员劫持飞机去台湾。在和驾驶员争斗过程中，飞机降落撞到其他飞机导致起火，机上128名乘客遇难。
二、南京731空难
1992年7月31日，在南京机场，中国通用航空客机在跑道上突然失控滑出撞上场墙后爆炸起火，机上126人中106人遇难。事故原因源于机组人员执行操作程序有误，教训深重。
三、南航桂林空难
1992年11月24日，南方航空波音737客机在桂林阳朔县上空，撞山粉碎性解体，机上141人尸骨无存。事故原因尚无定论，机械故障和机组处置不当造成事故的可能性最大。
四、西安六六空难
1994年6月6日，西北航空B2610号飞机在西安机场起飞不久空中失控，在西安市长安县鸣犊镇坠毁，机上160人全部死亡。坠机原因是飞行员操作自动驾驶仪方面出现差错，导致飞机遇到气流干扰时出现反复偏航滚动，最终酿成机毁人亡的惨剧。
五、南航五八空难
1997年5月8日，南方航空B2925航班在深圳飞机降落时遭遇暴雨，飞行员两次操作降落均出现失误，导致飞机受损坠毁在跑道上，最终爆炸解体，机上74人有35人死于非命。
六、温州瑞安空难
1999年2月24日，西南航空图154飞机在温州瑞安上空1200米高度失控坠毁，机上61人全部遇难。坠机原因是维修人员错装自锁螺母，是一起特别重大的责任事故。
七、国航釜山空难
2002年4月15日，中国国际航空129号班机，在临近釜山机场时碰到恶劣天气和机场设备故障，致使客机撞山坠毁，129人罹难，37人幸存。
八、大连五七空难
2002年5月7日，北方航空的一架麦道客机在大连海域事发，112名乘客和机组人员全部蒙难。该空难事故是乘客张丕林故意纵火所致。他行前购买的七份航空意外险，被保险公司以故意犯罪为由拒绝了赔付。
九、包头1121空难
2004年11月21日，M15210航班从包头起飞后随即坠入包头南海公园湖中并发生爆炸，机上乘客、机组人员和地面共55人在事故中遇难。事故原因是机翼结霜导致飞机起飞后失速未能改出坠毁。
十、黑龙江伊春空难
2010年8月24日，河南航空VD8387航班在伊春市林都机场降落时坠毁，机上96人中44人遇难。事故原因是飞行员操控失误。
1990.10.02：CZ2812，机型：波音757-21B，广州-上海，死亡46人
1992.11.24：CZ3943，机型：波音737-3Y0，广州-桂林，死亡141人
1997.05.08：CZ3456，机型：波音737-31B，重庆-深圳，死亡35人