首先是因为蒙古诸部生存空间越来越小了，其次是黄教传入对蒙古社会产生了深远的影响，最后是因为黄教蒙古人开始固定安家，不游牧了，以晋商为代表的汉族经济就慢慢渗入侵蒙古部落，在这三个大原因之下，蒙古部落是必然会迅速彻底的衰落下去的。
第一个大原因是根据历史上记载的，明朝灭亡之后，满清朝虽然表面上跟蒙古各部落进行满蒙联姻，两个巩固满蒙之间的关系，但实际上是防着蒙古人，先后采取将蒙古部落按照地域来划分，限定不可以越界放牧，在满清这样隐蔽的手法下，自然对畜牧经济造成严重打击。同时这个时候沙皇俄国武器技术已经可以压制蒙古骑兵了，在沙皇俄国和满清朝堵死出路下，蒙古诸部生存空间越来越小了。
第二个大原因是黄教传入蒙古，满清统治者有心利用下，黄教可以说在蒙古各部落无人不知无人不晓的地步了。其次满清统治者给黄教的喇嘛极高的地位和优厚的待遇，极力宣传黄教的宗教信仰怎么好怎么好的，还给僧人免了全部的税赋，免费建寺庙等等扶持黄教的政策下，在思想上牢牢控制了蒙古人。蒙古人都不去生产了，都选择去出家当喇嘛，用了大量社会财富和社会资源来供养宗教，蒙古社会的经济只能越来越衰退，
最后一个大原因是建了大量的寺庙，蒙古人都固定居住下了，就需要买东西物资之类的，这个时候汉人商人就跑过去做生意，还放高利贷，慢慢蒙古人就掉入循环在还债中，哪里还有心思搞经济，自然就慢慢衰落下去。
因为元朝本来就是蒙古人建立起来的，互相牵制，元朝灭亡了蒙古部落当然也会衰弱，再加上明朝的不断打压和后来崛起的满清的牵制，蒙古部落衰落可以说是历史必然。蒙古军队是一支非常强大的军队，特别是他们引以为傲的骑兵战斗力非常强，正是因为这样，他们心高气傲一举攻入中原，实现了中原和草原的统一，灭宋建元。
虽然都是蒙古人统治，但元朝和蒙古部落的政权，制度还是不一样的，而且经过统一中原这一战，蒙古国基本上已经被四分五裂了，有的入住中原，有的分散在各个地区。由于蒙古人长期生活在草原，所以对中原复杂的地形并不了解，所以如果作战的话，就要制定新的方案。对于他们来说不是件简单的事情，所以想要扩展就没那么容易了。
在蒙古人长期生活在草原，并不懂得治国之道，蒙古人和汉人在生活方式、习俗、习惯等很多方面都不一样，所以在统治的过程中会有很多问题，导致慢慢衰落灭亡。元朝灭亡，蒙古人退出中原，按理说以他们的实力，回到蒙古也可以发展的很好，可没想到最后慢慢衰落。
因为明朝统治期间处处打压他们，不断派兵深入蒙古挤压他们的生存空间，最后落得个两败俱伤。这时候满清趁机崛起，最后明朝灭亡后，七零八散的蒙古遭满清大举进攻入驻，很多中原的文化，习俗之类的都带入了蒙古，还在一定程度上牵制了蒙古的经济发展，慢慢的蒙古国就这样衰落下去。