新疆医科大学现设有十三个学院（中医学院、基础医学院、公共卫生学院、药学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、成人教育学院、护理学院、高职学院、医学工程技术学院、北京大学医学网络教育新疆学院），两部（人文社会科学部、体育教学部），四系（口腔医学系、中医系、中药系、针灸骨伤系），七所附属医疗机构（第一附属医院、第二附属医院、第三附属医院（附属肿瘤医院）、第四附属医院（新疆神经病医院），第五附属医院（新疆铁路总医院），第六附属医院，属中医医院）。现有1个七年制临床医学研究生教育专业，18个本科专业和专业方向，28个专科专业和专业方向，其中新开设的10个本科专业和专业方向分别为临床医学七年制研究生教育、卫生事业管理、环境医学、临床营养、妇幼卫生、医学检验、口腔医学、针炙骨伤学、护理学、中西医结合专业；拥有临床医学一级学科博士后流动站1个，博士学位点4（内科学、药理学、劳动卫生与环境卫生学，生药学），一级学科专业硕士学位点2个（临床医学专业学位授权点、公共卫生学（MPH）共卫生学、药学、中医学、基础医学、护理学等专业的二级学科硕士学位点28个，三级学科硕士学位点36个；自治区级重点学科5个（内科学、外科学、劳动卫与环境卫生学、药理学、生物化学与分子生物学），自治区级重点实验室2个（分子生物学实验室、包虫病实验室），自治区级研究所（中心）8个，新疆医科大学第一临床医学院（第一附属医院）、第二临床医学院（第二附属医院）、第三临床医学院（附属肿瘤医院暨自治区肿瘤研究所）、第四临床医学院（附属中医医院暨自治区中医药研究所）、自治区人民医院、兰州军区乌鲁木齐总医院和乌鲁木齐市友谊医院等七所医疗机构为本校临床教学医院。
此外，在全疆拥有37所非隶属关系的地、县级医疗、卫生实习基地（经教育厅、卫生厅认可）。新疆医科大学于1986年被授予西北地区首批博士学位授权学校（心血管内科博士点），1992年获得劳动卫生与环境卫学专业博士点，1996年获得在职人员申请硕士学位授予权，2000年被授予药理学专业博士点。目前正在进行的省厅级以上科研项目有72项，总经费506万元，其中横向科技合作项目16项，合同金额370.8万元。学校的四所附属医院均为国家三级甲等医院，总床位数3098张，年门诊量达110万人次，年住院5万多人次，年手术量达1.6万余台次，现能开展肝移植、试管婴儿、冠脉搭桥、骨髓移植、PTCA等多项先进医疗技术。学校是获得2亿元资助的全国16个国家级级中医临床研究基地建设单位之一，是教育部认定全国外语授课培养医学留学生的25所大学之一
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