中药大多没有强的副作用，但不是绝对。中药有几种剧毒的比如朱砂、砒石、蟾酥、马钱子、闹羊花、生川乌、生草乌、生乌头、生天南星等毒性都很大。另外服药时有十八反（本草明言十八反 半蒌贝蔹及攻乌 藻戟遂芫俱战草 诸参辛芍反藜芦 ）十九畏（硫黄本是火中精 朴硝一见便相争 水银莫与砒霜见 狼毒最怕密陀僧 巴豆性烈最为上 偏与牵牛不顺情 丁香莫与郁金见 牙硝难合荆三棱 川乌草乌不顺犀 人参最怕五灵脂 官桂善能调冷气 若遇石脂便相欺）妊娠用药禁忌 ：某些药物具有损害胎元以致堕胎的副作用，所以应该作为妊娠禁忌的药物。根据药物对于胎元损害程度的不同，一般可分为禁用与慎用二类。禁用的大多是毒性较强，或药性猛烈的药物，如巴豆、牵牛、大戟、斑蝥、商陆、麝香、三棱、莪术、水蛭、虻虫等；慎用的包括通经去瘀、行气破滞，以及辛热等药物，如桃仁、红花、大黄、枳实、附子、干姜、肉桂等。凡禁用的药物，绝对不能使用；慎用的药物，则可根据孕妇患病的情况，斟情使用。但没有特殊必要时，应尽量避免，以防发生事故。 服药时的饮食禁忌 ：饮食禁忌简称食忌，也就是通常所说的忌口。在古代文献上有常山忌葱；地黄、何首乌忌葱、蒜、萝卜，薄荷忌鳖肉；茯苓忌醋；鳖甲忌苋菜：以及蜜反生葱等记载。这说明服用某些药时不可同吃某些食物。另外，由于疾病的关系，在服药期间，凡属生冷、粘腻、腥臭等不易消化及有特殊刺激性的食物，都应根据需要予以避免。高烧患者还应忌油。
就目前的中药医学水平发现的还很有限，可以说中药毒副作用比西药强的百倍，但也不是百分百安全的。
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