地下水是导致许多环境地质作用和环境生态问题最活跃、最重要的因素。许多环境地质与环境生态问题的产生都不同程度的反映出地下水的参与。
地下水参与或者说与地下水活动有关的环境地质问题包括：滑坡、泥石流、地面塌陷、地裂缝、地面沉陷、冻胀、海水入侵、地下水位持续下降（或含水层疏干）、地下水质污染（或水质恶化）、地下水酸化等等。
已知与地下水有关的环境生态问题有：土地的荒漠化（沙漠化）、沼泽化、盐渍化、地表水体萎缩和干枯、地表植被衰亡、各种与水质有关的地方病等等。
上述各种问题，有些是在天然原生环境中就存在的，有很多问题则是在人类强烈开采地下水之后发生的，或者说是在强烈取水后进一步加强的。
在进行水文地质调查分析时，应着重研究的问题是：
（1）查明区内与地下水开采或大规模疏干排水有关的环境地质与环境生态问题的类型、规模、发生地点与分布范围。对于大型水利设施兴建后出现的问题也应予以调查研究。
（2）调查研究各种环境地质与环境生态问题的发生与区域地质构造、岩性结构、地下水埋藏分布和地下水开采和排水活动间的相互联系。
（3）了解各种环境地质与环境生态问题的时空变化特征与地下水开采动态之间的关系。