顺治元年(1644年)，清王朝迁都北京以后，摄政王多尔衮便着手进行以武力统一全国的战略部署。但分析当时的军事形势，农民军李自成部和张献忠部，共有兵力四十余万；而刚建立起来的南明弘光政权，汇集江淮以南各镇兵力，亦不下五十余万，并且雄踞长江天险。清军多尔衮所部的满、蒙，汉八旗军，不过二十万人。如若在辽阔的中国腹地同诸多对手作战，兵力明显不足。况且初入中原，人心不稳，很可能顾此失彼，造成腹背受敌的窘境。
顺治元年七月，多尔衮先安抚南明政权的计策，收到了明显效果。对农民军的进攻取得了很大进展，后方也亦趋稳固。见最后消灭南明的时机已经到来，多尔衮便先致书南明，令福王“削号归藩。”指出：如不削号，便是天有二日，就是我大清的死敌。这样，我将拨出西征的精锐部队，转旗东征。对南明弘光政权进行威胁。十月，他又命发布檄文，严申“擅立福王”是“王法所不赦，”定将兴师问罪。十二月，多铎所部清军在潼关重创大顺军，转年正月十八，清军攻占西安。二月，多尔衮在清军平定陕西全省之后，命令多铎率军直扑南京。
顺治二年(1645年)四月中旬，多铎大军围攻南明扬州，经过十天的激战，扬州城破，明大学士史可法死于兵难。清军在扬州大肆屠戮，酿成“扬州十日”的空前劫难。五月六日，多铎挥师渡过长江，南明守军不战溃败。十四日，清军顺利占领南京，不久便俘获福王，南明政权的大批文武官员纷纷向清军投降。至此，清朝的统治很快扩展到长江中、下游的广大地区。
清军在南方的暴行和一系列高压政策，激起当地人民的强烈反抗，严重阻碍了继续统一南方的行动。在这个紧要关头，多尔衮又灵活地改变了策略。七月间，他将南方人民最为痛恨的多铎召回北京，改派汉人大学士洪承畴“招抚”江南。多尔衮这个以汉人治理汉人的办法，在关键时刻收到了实效。洪承畴坐镇南京之后，先后招降了大部分反清力量，轻而易举地攻下浙江，进而平定了福建。在顺治五年(1648年)，多尔衮以他谋略家的气魄和智慧，除了东南沿海和西南一隅，基本上完成了清朝在全国的统治。
顺治四年(1647年)二月，多尔衮以“府第腧制”的罪名，罢免了济尔哈朗的辅政大臣；转年三月，他又旧账重提，以在继嗣问题上包庇豪格为由，革去济尔哈朗的王爵，降为郡王。对待政敌豪格，多尔衮更是无所不用其极。顺治五年(1648年)二月，豪格击破张献忠农民军回到北京，多尔衮立刻罗织罪名，把他逮捕下狱，三月便折磨致死。不久，皇太后博尔济吉特氏下嫁多尔衮，他便由“叔父摄政王”尊封为“皇父摄政王”。
顺治五年(1648年)，多尔衮设立了六部汉尚书、都察院汉都御史。在此以前，这些部的正职都由满人担任，汉人只能担任副职。
顺治六年(1649年)，多尔衮进一步明令贵族不得干涉国政和限制汉宫行使职权。对诸王“有干预各衙门政事及指责汉宫，谓某贤能应升，某劣应降者，不论言之是非，即行治罪”。同时规定：“各王有以衙门事，私行传呼各衙门官至府者，罪在王。听其传呼而去者，罪在各官。”从而剥夺了贵族干预国家政务的权力。顺治元年(1644年)，宣府巡抚李鉴劾奏赤城道朱寿贪酷不法，多尔衮下令议察。朱寿得知以后，十分惊慌，便贿赂满臣绰书泰，求托英亲王阿济格代为说情。阿济格派绰书泰和总兵刘芳名往见巡抚李鉴，胁迫李鉴为朱寿鍪开脱罪行。多尔衮得知这些不法行为后，立即将绰书泰，朱寿等人斩首弃市，将刘芳名夺职入旗，将阿济格降为郡王，并罚银五千两。
多尔衮在削弱王权的过程中，注意调整统治阶级内部的满汉关系，并且比较开明和公正，是难能可贵的。他主张“满汉一家”，提倡满汉人民通婚，较之清朝其他统治者确实高出一筹。