中共山东省纪委、山东省监察厅机关设14个职能厅室和山东省纠正部门和行业不正之风办公室、离退休干部处、机关党委。
办公厅
负责综合、分析全省纪检、监察工作情况，组织起草工作计划、报告和有关文件；负责常委会、全委会及有关会议的会务工作；主管新闻报道和新闻发布工作；承担文件运转、机要通信、文书档案、编发信息、案件管理、保密保卫、行政事务和对外联络接待等工作；协调机关及直属单位的有关工作。
监察综合室（监察厅办公室）
负责收集、综合全省行政监察工作情况，处理日常行政监察业务；负责以监察厅的名义与省委、省政府各部门和下级政府的联系；起草有关行政监察工作文件和领导讲话；承办厅长办公会议和特邀监察员的选聘、联络工作；办理省人大、省政府、监察部交办的行政监察事项；承担省监察学会的日常工作。
研究室
负责纪检、监察工作的理论研究及有关政策问题的调查研究；起草重要文件、报告。
干部室
负责本机关和直属单位的人事工作；研究并提出纪检监察机构设置及人员编制的意见；办理派驻纪检监察机构领导干部的呈报及任免手续；会同有关部门考察省管纪检监察干部，提出任免意见；负责纪检监察系统表彰、奖励工作；受理反映纪检监察干部有关问题的信访事宜。
宣传教育室
负责宣传党的纪检、行政监察工作的方针、政策；配合有关部门重点抓好党风党纪、政风政纪教育；负责纪检、监察干部的业务培训；组织指导全省纪检监察宣传教育工作。
案件审理室
负责审理由省纪委、监察厅检查处理的案件，审核地厅级机关报批或备案的案件；受理党员和公务员不服地厅级机关给予的党纪、政纪处分的申诉；承担监察厅在行政诉讼中的应诉事宜。
政策法规室
负责拟定全省纪检、监察法规和政策规定；参与有关部门拟定党内法规和行政法规的工作；负责纪检、监察政策法规的解释工作；指导和协调全省纪检监察系统的政策法规业务建设。
信访室
（山东省国家行政机关工作人员违法违纪举报中心）
负责办理群众来信、来访和举报事项；受理涉及党风党纪和政风政纪问题的检举、控告、申诉，并核查部分案件；调查了解群众信访反映的突出问题，综合反映带普遍性和倾向性的信访信息；负责纪检信息员和人民监察通讯员的选聘、联络和指导工作。
党风廉政建设室
负责监督检查、综合分析党风廉政建设情况；组织全省性或重要的党风廉政建设检查活动，协调廉洁自律专项清理工作；负责综合市地、省直部门党委（党组）民主生活会的情况；承办党风监督员的选聘和联络工作
执法监察
室负责监督检查各市地、省直各部门贯彻执行党的路线、方针、政策和国家法律、法规、决定、命令的情况；组织开展全省性或重要的执法监察活动，参加省政府及有关部门开展的检查活动；会同有关部门进行重大事故的调查。
第一、二、三、四纪检监察室
第一、二纪检监察室分管省直机关的纪检监察工作。负责承办所联系部门省委管理干部的违法违纪案件和其他比较重要、复杂案件的查处工作；监督检查所联系部门及其领导干部遵守党章、贯彻执行党的路线、方针、政策和国家法律、法规、决定、命令的情况和党风廉政建设的情况；参加所联系部门党委（党组）民主生活会和有关部门开展的检查活动；配合参加重大事故的调查；综合、协调、指导所联系部门的纪检、监察工作。
第三、四纪检监察室分管市地的纪检监察工作。负责承办所联系市地省委管理干部的违法违纪案件和其他重要、复杂案件的查处工作；监督、检查所联系的市地党委、政府（行署）及其领导干部遵守党章，贯彻执行党的路线、方针、政策和国家法律、法规、决定、命令的情况和党风廉政建设的情况；参加所联系市地党委（党组）民主生活会；配合参加重大事故的调查；综合、协调、指导所联系市地的纪检、监察工作。
纠风办 山东省人民政府纠正部门和行业不正之风办公室
负责督促、检查、指导各市地、各部门纠正部门和行业不正之风工作，承担汇总和分析有关情况，向省委、省政府提出报告等工作任务。
离退休干部处
负责机关离退休干部的管理和服务工作。
机关党委
负责机关及直属单位党的思想、组织、作风建设和纪律检查工作；领导机关及直属单位的工、青、妇等工作。
