包头医学院创建于1958年，是新中国在少数民族地区较早建立的普通高等医学院校之一，是内蒙古自治区直属本科院校，面向全区招生。
1959年包头卫生学校(合署)、包头市第二医院、包头市制药厂并入包头医学院。
1958年包头卫生学校创建。
1959年包头市第一医院并入包头医学院。
1959年包头医学院(第二附属医院)独立，并更名为包头市第二医院。
1961年内蒙古卫生干部进修学院并入(合署)包头医学院。
1954年内蒙古自治区卫生干部训练所创建。
1956年内蒙古自治区卫生干部训练所改建为内蒙古自治区卫生干部进修学校。
1957年内蒙古自治区卫生干部进修学校停办。
1959年内蒙古自治区卫生干部进修学校复校并升格为内蒙古自治区卫生干部进修学院。
1960年内蒙古医学院(蒙医专业)、内蒙古自治区中蒙医医院、内蒙古自治区中蒙医研究所并入内蒙古自治区卫生干部进修学院。
1961年呼和浩特医学专科学校(资源)并入内蒙古自治区卫生干部进修学院。
1961年内蒙古自治区卫生干部进修学院(原内蒙古医学院蒙医专业部分)、内蒙古自治区中蒙医医院、内蒙古自治区中蒙医研究所并入内蒙古医学院。
1962年内蒙古卫生干部进修学院改建为包头医学专科学校。
1978年包头医学专科学校升格为包头医学院。
1985年包头工程总公司职工医院并入包头医学院。
2003年6月，经国家教育部批准，原包头医学院、原包头钢铁学院和原包头师范学院合并组建内蒙古科技大学。
2004年12月，又经内蒙古自治区人民政府批准，内蒙古科技大学分为三个具有独立法人资格的办学实体，原包头医学院更名为内蒙古科技大学包头医学院。
2005年内蒙古电力中心医院并入内蒙古科技大学(包头医学院)。
2008年迁地新校区，接受教育部本科教学工作水平评估结果为优秀。
2009年包头卫生学校并入内蒙古科技大学(包头医学院)。
