工业生产上常用的微生物有细菌、放线菌、
酵母菌和霉菌，由于发酵工程本身的发展以及遗传工程的介入，藻类、病毒等也正在逐步成为工业生产的微生物。
1．细菌 工业生产中常用的细菌有：枯草芽孢杆菌、乳酸杆菌、
醋酸杆菌、棒状杆菌、短杆菌、节杆菌、假单胞菌、小球菌等，用于生产乳酸、醋酸、
氨基酸、核苷酸、淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶、维生素、肌苷酸、
丙酮丁醇等产品以及生物防治、细菌浸矿等。
2．放线菌 它的最大经济价值在于能产生多种抗生素。从微生物中发现的抗生素，有60%以上是放线菌产生的，如链霉素、金霉素、红霉素、
庆大霉素等。常用的放线菌主要来自以下几个属：链霉菌属、小单孢菌属和诺卡氏菌属等。近年来也用放线菌生产氨基酸、核苷酸、维生素和酶制剂等。
3．酵母菌 工业上常用的酵母菌有：啤酒酵母、
假丝酵母、类酵母等，用于酿酒、制造面包、制造低凝固点石油、生产酒精、脂肪酶，以及生产可食用、药用和饲用的酵母菌体蛋白等。
4． 霉菌 工业上常用的霉菌有：藻状菌纲的根霉、毛霉、犁头霉、子囊菌纲的红曲霉，半知菌类的曲霉、木霉、青霉等；它们可用于生产多种酶制剂、抗生素、有机酸、生长素及甾体激素等。