石河子大学的院包括：经济与管理学院、政法学院、外国语学院、文学艺术学院、商学院
体育学院、师范学院、兵团教育学院、生命科学学院、机械电气工程学院、水利建筑工程学院
信息科学与技术学院、化学化工学院、食品学院、医学院、药学院、农学院、动物科技学院、
科技学院、成职教育学院 。
至于系呢，每个院下面都有几个系，数量不等，可参考石河子大学网站
www.shzu.edu.com石河子大学拥有经济、法、教育、文、历史、理、工、农、医、管理等十大学科门类。学校下设20个学院，拥有5个一级学科博士学位授权点，涵盖15个二级学科博士学位授权点；21个一级学科硕士学位授权点，117个相关二级学科硕士学位授权点；9个专业学位授权点，75个本科专业，3个博士后流动站（科研工作站）。学校设有国家大学生文化素质教育基地和国家大学生创新实验基地，成立了国际教育中心，在哈萨克斯坦建设了孔子学院。现有国家重点学科1个和国家重点（培育）学科1个，省级重点学科13个和省级重点（培育）学科1个；有国家级教学团队2个、国家级精品课程3门、国家级特色专业4个、国家级实验教学示范中心1个、国家级双语教学示范课程1门；有省部共建国家重点实验室培养基地2个，教育部重点实验室2个，教育部工程中心2个，发改委国家地方联合工程研究中心1个，农业部重点开放实验1个，农业部培训基地1个，兵团重点实验室3个，兵团重点文科研究基地1个，是兵团和自治区重点科研基地。