刘裕之所以要将司马一族灭族有三方面原因;第一、刘裕担心司马一族来日东山再起,威胁到自己后人的江山;第二、刘裕担心来日有人利用司马懿的后人生事;第三、刘裕担心司马一族的残存势力成为新政权的威胁。
(一)、刘裕不希望司马一族有东山再起的机会
刘裕当时靠着强大实力推翻了司马家族的东晋王朝,建立了属于刘氏的新政权,但是刘裕也是曾经汉朝的统治者的后代。由于刘裕自己也算是“复国者”,所以他也担心司马一族来日会东山再起,卷土重来夺走刘氏的江山,这是他非常担心的事情,所以他在登基后,便狠心地下令将司马一族全给杀光。但是刘裕杀的司马一族的族人都是司马懿的后代,而不是所以司马姓氏的后代。
(二)、刘裕担心来日有人利用司马懿的后人生事
古代的封建王朝都信奉“君权神授”,所以并不是所有人都有资格当君王的。司马懿的后人已经建立了东晋王朝,那么司马懿的后人登基也算是“上天的旨意”,这也是刘裕十分忌惮的。若是来日有人为了夺得政权而利用司马懿的后人的话,那么刘裕的后人就会面临统治危机,这也是刘裕很不想看见的,所以刘裕杀死了司马懿所有后人。
(三)、刘裕此举是为了给自己的后代清空障碍
刘裕建立新政权时,已经是五十七岁高龄了,他的儿子刘义符年纪尚小,所以刘裕很担心司马懿的后人的残存势力会给刘义符造成威胁。当时司马一族的统治虽然被推翻了,但是他们依然有残存势力,而且朝廷中还有一些潜在的支持司马一族的大臣在,这些人来日都是刘义符的威胁,所以刘裕绝不能留他们性命。