灾毁土地复垦项目的费用构成与整理项目一致，主要包括工程施工费、设备购置费、其他费用和不可预见费。其中工程施工费是经费的主要支出，一般占总投资的70%～90%。工程施工费包括土地平整工程、灌溉与排水工程、田间道路工程、农田防护与生态环境保持工程和其他工程等的费用。
土地平整工程一般包括表土剥离、土石方开挖、土石方回填、土石方运输、平整土地和筑埂坎等；灌溉与排水工程是对水土资源、排灌沟渠、蓄水设施及其建筑物等进行整治和新建；田间道路工程主要是指直接为农业生产服务的田间道路和生产路的建设；农田防护与生态环境保持工程主要是农田防风林、埂坎防护林、护岸林、沟道治理、坡面防护等；其他工程主要是项目区公示牌和单体工程标识牌等。从上述分析中可以看出，复垦项目的经费主要是用于购买各种建筑材料如水泥、沙、碎石、卵石、块石、钢筋、PVC管、铁管、砼管、弯头等；各种电力设备如电线杆、变压器、电能计量控制柜等；各种水利设施如潜水泵、喷头、动力设备等。其余的费用主要用于支付施工者的工资、项目的设计、验收与管理及不可预见费用等。由此可知，复垦项目经费的领受者是与复垦项目工程相关的行业，如土地整治规划设计行业、建筑施工行业等。从国家角度而言，国家每年用于灾毁土地复垦有保障的专项资金来源于新增建设用地有偿使用费、耕地开垦费及其他一些相关费用，加之另外一些企业资金、社会资金等，也是一笔巨额资金，这些资金通过开展灾毁土地复垦活动流入与复垦相关的各种行业，将带动相关行业的发展，产生良好的经济效益。
复垦中工程费用结构必须合理，当费用过高时必须检查各项工程的工程量和其他费用构成是否准确。