“疑点利益归于被告”原则又称为“存疑时有利于被告”原则，是指在刑事诉讼中遇到事实无法查清或查清事实所需成本过高的情况，依有利于被告的原则判决，该原则是刑法通过限制国家的刑罚权从而保障行为人自由的机能的体现。
这是由于相对国家机关的强大，被告人的力量要小的多，公安、检察机关的侦察能力、执行力量都远胜于被告人个人的辩护能力与保护力量，当公安、检察机关所获取的证据都不能达到使人们消除合理怀疑的程度，理所当然只能作出有利于被告人的判决。
“疑点利益归于被告”原则表现为当事实在有罪与无罪之间存在疑问时，宣告无罪；当事实在重罪与轻罪之间存在疑问时，认定轻罪；当事实在数罪与一罪之间存在疑问时，裁定为一罪；就从重情节存在疑问时，应当否认从重处罚；
此外，这一原则还适用于诉讼前提条件，如无法确信某犯罪行为是否超过追诉时效时，应当认为已经超过追诉时效而不再追诉。
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存疑有利于被告原则之解析
“存疑时有利于被告”的含义是：在对事实存在合理疑问时，应当作出有利于被告人的判决、裁定。该原则在适用中可能表现为许多情形：
当事实在有罪与无罪之间存在疑问时，应该按照无罪来处理；当事实在重罪与轻罪之间存在疑问时，应该认定为轻罪；就从重处罚情节存在疑问时，应当否认从重处罚情节；当无法确信某一犯罪行为是否超过追诉时效时，应当不再追诉。
我国新的刑事诉讼法在字里行间无不体现“存疑时有利于被告”的精神。作为一项诉讼原则，“存疑时有利于被告”也开始进入部分司法人员的思维视角。
与历史上曾经被推崇的“有罪推定”相比，无疑具有历史的意义。但从司法部门对该原则适用的情况来看，对“存疑时有利于被告”的理解尚存在一些不准确的地方。部分司法人员认为只要在案件事实中存在着疑问，就应该理所当然地适用该原则。
于是，“存疑时有利于被告”原则经常成为一些司法人员拒绝评价某些复杂案件的“挡箭牌”，甚至掩盖了司法人员较低的刑法诠释、适用能力，甚至包括不敬业的职业态度。
“存疑”是指对案件事实存在着合理的疑问，而不是对法律的疑问。作为一个司法者，没有权利动辄怀疑刑法的权威性和确定性。相反，我们应该笃信刑法是正义的表述，刑法的规定是明确和合理的，否则，自身尚且含混不清的法条是不可能成为司法的根据的。所谓的疑问，只是对案件事实的疑问。
参考资料来源：百度百科-疑点利益归于被告
参考资料来源：人民法院报-存疑有利于被告原则之解析