一、概念不同
1、分子是独立存在而保持物质化学性质的最小粒子，由组成的原子按照一定的键合顺序和空间排列而结合在一起的整体，这种键合顺序和空间排列关系称为分子结构。由于分子内原子间的相互作用，分子的物理和化学性质不仅取决于组成原子的种类和数目，更取决于分子的结构。
2、原子构成化学元素的基本单元和化学变化中的最小微粒，即不能用化学变化再分的微粒，由原子核和绕核运动的电子组成。原子构成一般物质的最小单位，称为元素。已知的元素有119种。 因此具有核式结构。
二、化学变化中是否可分
1、分子在化学变化中可分。
2、原子在化学变化中不可分，原子可重新组合成新分子再构成新物质或直接构成物质。
三、特性不同
1、原子的质量非常小，且不停地作无规则运动；原子间有间隔；同种原子性质相同，不同种原子性质不相同。
2、分子之间有间隔；一切构成物质的分子都在永不停息地做无规则的运动。温度越高，分子扩散越快，固、液、气中，气体扩散最快。
由于分子的运动跟温度有关，所以这种运动叫做分子的热运动；一般分子直径的数量级为10^-10m；分子很小，但有一定的体积和质量；同种物质的分子性质相同，不同种物质的分子性质不同。
参考资料来源：百度百科－分子
参考资料来源：百度百科－原子
1、组成结构不同
原子由质子和中子组成，正原子的原子核由带正电的质子和电中性的中子组成，负原子原子核中的反质子带负电，从而使负原子的原子核带负电。而分子是由原子构成的，原子通过一定的作用力，以一定的次序和排列方式结合成分子。
2、参与化学反应性质不同
原子是化学反应不可再分的基本微粒，原子在化学反应中不可分割。而分子在化学反应中可以再分割，不同物质的分子中各种原子进行重新结合
3、历史发展不同
原子的提出早于分子。
1789年，法国科学家拉瓦锡定义了原子一词，从此，原子就用来表示化学变化中的最小的单位。而最早提出确切的分子概念的是阿伏伽德罗，他于1811年发表了分子学说，认为：“原子是参加化学反应的最小质点，而分子则是在游离状态下单质或化合物能够独立存在的最小质点。
参考资料来源：百度百科-原子
参考资料来源：百度百科-分子
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“在化学变化中分子可分，原子不可分”
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分子是独立存在而保持物质化学性质的最小粒子。分子有一定的大小和质量；分子间有一定的间隔；分子在不停的运动；分子间有一定的作用力；分子可以构成物质,分子在化学变化中还可以被分成更小的微粒：原子.分子可以随着温度的变化，在3态中互相转换。同种分子性质相同，不同种分子性质不同。最小的分子是氢分子的同位素，是没有中子的氢分子,称为氕,质量是1.大的分子其相对分子质量可高达几百万以上。相对分子质量在数千以上的分子叫做高分子。分子是组成物质的微小单元，它是能够独立存在并保持物质原有的一切化学性质的最小微粒．分子一般由更小的微粒原子构成．按照组成分子的原子个数可分为单原子分子，双原子分子及多原子分子；按照电性结构可分为有极分子和无极分子．不同物质的分子其微观结构，形状不同，分子的理想模型是把它看作球型，其直径大小为10^-10m数量级。分子质量的数量级约为10^-26kg。
原子（atom）指化学反应的基本微粒，原子在化学反应中不可分割。原子直径的数量级大约是10^-10m。原子质量极小，且99.9%集中在原子核。原子核外分布着电子电子跃迁产生光谱，电子决定了一个元素的化学性质，并且对原子的磁性有着很大的影响。所有质子数相同的原子组成元素，每一种元素至少有一种不稳定的同位素，可以进行放射性衰变。原子最早是哲学上具有本体论意义的抽象概念，随着人类认识的进步，原子逐渐从抽象的概念逐渐成为科学的理论。
认 识 保持物质化学性质的最小粒子 化学反应中的最小粒子
区 别 在化学反应中可以再分为原子 在化学反应中不可再分
相似点 ①质量和体积很小 ②都在不停地运动 ③都有一定的间隔
联 系 分子、原子都是构成物质的一种粒子，分子由原子构成
例如：H2O=通电=H2↑+O2↑
水是分子构成的，水分子通电后被破坏分解常见成氢原子和氧原子，两个氢原子结合成氢气分子，两个氧原子结合成氧气分子。
说明分子再分，原子不可再分。本回答被网友采纳
原子是化学变化中的最小微粒。我们知道物质是无限可分的，但化学学科就研究到原子为止，原子的裂变就是物理学的任务了。