是的，这就是电影的结局。
先知随着对人类的研究逐渐理解并拥有了人类的情感，这是与同为程序的架构师最大的不同，先知想要终结机器与人类的战争并因此创造出了尼奥和史密斯。
最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类永久的生存在锡安中，先知的矩阵革命得以实现。最终先知和尼奥共同拯救了人类。
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尼奥和史密斯都是先知创造的，用来和构架师谈判的筹码：
尼奥的选择终结了矩阵升级锡安毁灭重建的循环，但却迎来了另一个问题，如果尼奥不进入代码之源，那么架构师就会亲自毁灭人类。
先知为此改造了“特工”史密斯使之成为一个类似病毒的非法程序存在，这点从先知和尼奥的对话中可以得知只有先知知道史密斯和其他特工程序的不同，史密斯是尼奥的对立面。并且只有尼奥能打败史密斯来阻止史密斯复制自己毁灭世界。
在第一部史密斯和被抓住的莫菲斯的对话中，史密斯试图离开矩阵的强烈意图就已经体现了史密斯与其他特工程序的不同。史密斯原本不属于非法程序，也不可能是架构师改造用来毁灭自己的机器世界的，所以有理由相信是先知一手将史密斯改造成了非法程序，用来作为尼奥与架构师最终谈判的砝码。
暂时和平，人类作为奴隶的结局永远不会改变，因为机器人的智商已经超过人类了。但是，机器人程序是经常有病毒出现的，等下一个病毒出现的时候，又会出现新的尼奥，来帮忙机器完善自身的程序。人类，依然是奴隶。
机械主也因此获得了史密斯的代码，从而成功将其清除，在最后一刻拯救了仅存的人类，还有被机器大军破坏殆尽的锡安城，机器世界与真实世界都获得了和平，人类从此可以选择生活在矩阵或现实世界，而造物主也承诺不愿生活在机器世界（母体）的人类将会获得自由。在最后，先知表示相信b166er还会回来。（剧终）
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角色介绍——
1、b166er
b166er是动画片《The Animatrix》（黑客帝国动画版）中出场的一个机器人角色。该角色因为拒绝被主人停机而杀死了他的主人，而在被为此裁决销毁之前他抗辩道自己的行为是正当防卫，这一事件后来掀起了一场机器人与人类之间、人类与人类之间的大争论，进而发展成了第一次人机战争。
2、Osiris
这架舰艇在电影第二集重装上阵中的开头曾被提及。由于发现机器人开始使用巨钻进攻锡安而被机器人发现攻击，最终通过矩阵将信息转达给锡安和尼奥等人，但自己最终被机器人围歼自爆牺牲。
本回答被网友采纳。。。那样有什么意义。。。还不是有一大堆人要被当作电池来用嘛。。。还有一大堆人生活在母体里啊。。。而且在Zion的人类都还是要被机器人所限制啊。。
追答不是不是 尼奥在机器人大面积攻击人类以后还要回去打史密斯就是因为机器人的请求 不然他也没机会再回去，而且他也不必再去打史密斯 因为史密斯已经是病毒了 不受机器人们管理；史密斯的存在威胁到了人工智能的存在 所以机器人跟尼奥定了约定 尼奥如果赢了史密斯 机器人就撤走并放弃控制人类；结果尼奥赢了 所以机器人最后全部撤走了。电影中机器人撤走的场面挺壮观的啊你怎么没注意到呀
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