刑事诉讼制度存在着两种基本价值追求：
一，安全价值：即保障社会和社会的多数成员不受各种犯罪行为的侵害，维护社会稳定和社会安全，从而表现为社会的一般利益；
二，自由价值：即保障作为个人的社会成员所享有的免于某种或某些限制的“人权”和自由，以及从事某种或某些活动的自由，其核心内容是保障嫌疑人、被告人的基本权利不受国家权力的过度干预，因此，主要表现为一种个体性利益。
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从静态上讲，现代国家中个人自由与公共安全是相互依存、不可截然分割的利益共同体，公民个人利益是社会一般利益的一部分，从根本上说是统一的，理论上讲完全能够协调一致。
从动态上讲，在公诉活动中，自由与安全的性质各不相同，其内在要求也迥然有异，要追诉犯罪、惩治犯罪，维护社会安全，就必须赋予检察机关必要的权利，限制甚至剥夺被告人的某些自由；要保障被告人的自由，就必须相应地收缩和制约检察机关的权利，赋予被告人充分的自我防御和辩护手段，二者发生碰撞和冲突是必然的。
同时，对犯罪行为的追诉是一种由结果推导原因的回朔性证明过程，要切实查明案件真相又不损及涉诉公民个人自由，便需要投入大量人力、物力和财力。而在任何既定时期、用来满足这两种需要的司法资源和公诉手段是有限的，如果将这些有限的资源和手段用于满足某一个特定价值，则另一个价值的受满足程度就必然大大降低乃至为零。
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英美法系的观点是：个人具有政府无权干涉的某些基本权利，即便是国家专门机关出于控制犯罪的目的而开展刑事追诉活动，也不能予以侵犯。公诉制度的着眼点是防止公诉机关的权力过分扩张，注重被告人权利保障。
大陆法系国家认为，对被告人自由的保障不应妨碍打击犯罪而且主要通过对犯罪的惩罚来实现，为此，当面临“冤枉一个好人还是放纵一个坏人”的判断时，大陆法系国家通常倾向于前者，侧重于安全是大陆法系国家公诉制度的价值选择。
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当事人主义诉讼模式依据是“三角结构”型的诉讼机理，也即“三方组合”型的诉讼形态，其表征是作为双方当事人的原告、被告间相对立，法官（仲裁者）作为第三方居于其中，居于其上，公正裁判，解决冲突。直观地看，这种诉讼结构呈“等腰三角形”或者说是“正三角形”，其内在要求首先是审判中立，其次是诉辩平等，三是控辩相对抗，其特征是：①诉审分离；②审判本位主义；③控辩对抗构成法庭审判的主要内容。公诉人在诉、辩、审三角关系中始终处于平等的一方当事人的地位，是纯粹的公诉人的身份。
与当事人主义诉讼模式不同的是职权主义诉讼模式，其依据的是“线型”结构的诉讼机理。所谓线型结构，实际上就是将诉讼视为一种“双方组合”，一方是作为整体的国家司法机关，另一方为被告人（包括犯罪嫌疑人），诉讼活动的基本内容就是司法机关积极进攻性的司法活动。其特征是：①司法一体化；②司法机关活动的主动性、积极性构成刑事诉讼的基本内容；③被告方的权利受到限制。
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对于我国现行刑事诉讼的评价：
①我国的现行公诉制度尽管职权主义特点仍比较突出，但这是由我国国情决定的，不能全盘否定。②“当事人主义”的诉讼模式中一些合理东西，特别是扩大和保障被告人合法的诉讼权益的内容要有选择地吸收，这是诉讼模式发展的大势所趋。③检察机关的监督性质不能取消，其拥有的监督权与诉辩审三角关系中的公诉职能并不矛盾，只要正确行使监督权，不仅不会给“等腰三角型”带来失衡，而且还有利于三角关系的平衡。④从立法的有关规定来看，似乎检察机关拥有很大权力，但这种权力由于规定的比较笼统和宽泛，再加上没有保障性措施，实际上监督权利的行使并不到位，也并不充分。如果在公诉制度改革中一味强调取消或限制检察机关的监督权，是不正确的，也是不切实际的，问题不在于取消不取消，而在于如何看待。⑤检察权包括公诉权一方面要保障有效行使，另一方面，还要合理制约，防止滥用。任何事物都有两面性，只强调一方面，忽视另一方面都是不正确的。
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