原因有以下几点：
一，战略上的矛盾。
既然财政上军事上都没有条件可以让岳飞直捣黄龙，最好的办法就是和谈，这也是岳飞和秦桧之间产生巨大矛盾的原因之一。我们为什么说一直说秦桧是奸臣，他到底奸在哪呢，不是说他不学无术，他是个很有才能的人，智商情商都很高，或许就是太高了，人就很自私，秦桧为了自己的政治利益，他牢牢的将自己的政治命运捆绑在宋高宗身上，他深知赵构内心是想和谈，不惜牺牲自己的名誉主持和议，利用政治手段不断打击陷害主战派，就是岳飞，韩世忠等人，这就是岳飞和秦桧政治上的分歧，这时候实际上秦桧已经是宋高宗的代言人，也就可以说是岳飞和宋高宗的政治分歧。
二，治国理念的矛盾。
其次,就是宋朝文人主政的祖宗之法，宋自建国始，直接领兵将帅不得参与军政大计，以防止他们利用机会发动政变；而主管军政大计的文官，虽有权调动军队，制订战略决策，却又无一兵一卒。事情到了岳飞这里就有点不好掌控了，当时岳飞几乎掌握了天下大半的兵马，你让朝廷里的士大夫们做何感想，还有，岳飞的性格也是比较骄傲的人，在1134年32岁的岳飞被封为清远军节度使时，他就很骄傲的说像这么年轻能做到节度使的只有太祖和我之类的话，这种话岂是轻易可以说出口的，可以肯定的是，岳飞已经受到猜忌，就算宋高宗拿不准岳飞是忠臣还是野心家，但当时朝廷上的士大夫们已经猜疑。
有一次，宋高宗看到岳飞来的奏章就说，岳飞到底是个忠臣啊。秦桧马上接着说，对，岳飞是忠臣，太祖皇帝当年不也是后周的忠臣吗。我们就可以想像一下，岳飞掌握了天下兵马，如果他又收复了失地，迎回了二圣的尸骨，更何况性格刚正清廉，名望又高，那么你不做皇帝谁做？就算你不想，保不齐你手下的人也会给你来个黄袍加身。赵匡胤的故事不就这样发生的吗。所以，当岳飞被害的时候，士大夫阶层没有替岳飞站出来说话的。
那你说，如你是赵构，听了秦桧这番话，会怎么想呢？这和北宋时文彦博陷害狄青是一模一样的，狄青遭贬黜，他就问宰相文彦博外放原因，文彦博就说：“无他，朝廷疑尔。”没什么原因，朝廷不相信你。到岳飞被关在大牢里，听到一个狱子跟他说：”君臣不可疑，疑则为乱。故君疑臣则诛，臣疑君则反。”岳飞听后是悲愤难当，不禁写下“天日昭昭”四个大字，他至死都没明白为何会受猜忌。
三，性格的矛盾。
岳飞的性格说好听点是刚正，说不好听就是倔，其实倔也不是什么毛病，有时候人倔还能办成大事，能坚持。但是放在岳飞身上就成了问题，因为你是朝廷举足轻重的人物，手上还有天下半数兵马，所以在宋高宗看来，岳飞的倔就成了跋扈嚣张。
可我们要知道，岳飞可以说是宋高宗一手提拔起来的，从一名低级武官升到节度使，他可不是一开始就对岳飞有意见的，而是岳飞慢慢的触怒了他。
举个例子，绍兴七年，当时，淮西军将领刘光世辞职不干，赵构就把军权给了岳飞，这时候岳飞就拥有了大半的军队，回过头，高宗想想不对，你有这么多兵，到时候你要反我，我一点反抗能力都没有，（你看猜疑之心不自禁的产生）就把军权要回来了，岳飞就三番五次的找高宗，说你放心把军队交给我，我肯定能帮你收复故土，赵构死后就是不给，岳飞倔劲一上来，不干了，直接回庐山修养。（岳母葬再庐山）
赵构一连写了两封信给他，希望他重新回来主持工作。岳飞回信了，两个字：不干。赵构这时有点面子上挂不住了，但又不好跟岳飞翻脸，又给岳飞写了封信，说了一大堆的好话，可岳飞就是不买账。赵构没辙，就让岳飞的部下李若虚和王贵到庐山去劝他，最后是李若虚严厉责备：“是欲反耶？……若坚执不从，朝廷岂不疑宣抚？”什么意思，就是质问岳飞你真的以为你能跟朝廷翻脸吗，岳飞这才有点恍然，就接受皇帝的命令返回军营。
岳飞下山后，估计也是后怕了，曾三次向赵构谢罪。赵构淡淡的说：没事，我没你那么小气，太祖说乱吾法者，惟又剑耳，我要是生气就直接弄死你了。这时候赵构心里已经有了芥蒂。这是一次翻脸，之后的一次，才真正触及到高宗的痛处。
四，立嗣的矛盾。
我们都知道，宋高宗在南渡的时候受了惊吓导致阳痿，生育出了问题丧失了生殖能力。之前唯一的儿子，又因为宫女不小心踢翻一个铜鼎，而被惊吓抽搐致死。之后就养了太祖皇帝的两个子孙，一个叫赵伯琮一个叫赵伯玖。
岳飞呢一方面是为了国家着想，一方面也是好心，就没事跑去跟高宗说你应该立赵伯琮为太子，其实岳飞也很谨慎，这种奏章他不让其他人参与，都自己写，写完之后再念给高宗听，当时赵构什么也不说，就是冷冷的看着他，然后一阵风吹来，奏章被吹落在地，岳飞是哆哆嗦嗦大汗淋淋，也自觉这件事做的有点过分，然后高宗就说，这种事岂是你在外掌兵权的武将该管的啊。
如果一个文臣关心到也罢了，你是武将，手握重兵，你对皇位继承感兴趣，指手画脚，你是想干什么。要知道，在封建王朝，皇权继承问题，在历朝历代都是一个绝对核心的敏感问题，为此所导致的皇家骨肉相残比比皆是，岳飞这样关心继承人问题，（虽然出发点是好的）不得不让人怀疑他的政治野心，也可以说，他触犯了皇家的最大禁忌。
岳飞做的这件事不光赵构不高兴，就是当时的主战派对岳飞也很好的宰相赵鼎就直言，岳飞太糊涂了，这种事是他一领兵在外的武将能管的吗，此事万万不能有第二次。所以，史学界认为岳飞和宋高宗之间的矛盾，就是从这一年开始加深的。
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