战国时期，各个忍者族群仅仅受雇于人，没有固定的组织、国家。当时的忍者为了存活，甚至连姓氏都不能随便透露。忍者和平民的平均寿命只有三十岁左右，导致平均寿命大副下降的重要原因之一即：连幼小的孩童也要上战场，而大量的孩子就这么轻易地死在了战场上。当时，最为强大的两个族群——森之千手一族和团扇宇智波一族，历史的渊源赋予了两大种族无法摆脱的宿命，两大族群无休止地交战着。长久的战争，使两大族群疲惫不堪。 作为两大家族的成员，宇智波一族族长之子——宇智波斑同千手一族族长之子——千手柱间就这样因缘巧合的相遇了。残酷的战争，给世界，也给这两个宿命的家族带来了巨大的创伤，斑有四个兄弟战死，柱间的两个兄弟也因战争夭折。
一次偶然的相遇，两个并未透露出自己姓氏的少年，两个对战争同样厌恶但却不得不站在对立面的年轻忍者，通过一次简单的对话，开始了两人纠葛的交集。当时的两人，拥有着同样的理想，但对于理想却有着不同的理解，二人经常站在河的对岸，交换着自己的想法，千手柱间提出用签署协议和设立同盟的方法来结束战争，宇智波斑认为和平需要坚持自己的意志和足够的力量，否则一切都行不通，于是整日和柱间修炼和谈论关于未来的话题。两人通过打水漂、爬山、对练、嬉戏的方式逐渐建立起了深厚的友谊，二人的羁绊随着时间的流逝不断加深，两个孩子甚至谈论着将来建立村子的话题。
但这一情况终究被双方的父亲发现，千手柱间接到从斑身上获取宇智波一族情报的任务，对应的，宇智波斑也接到相同的任务，两人都不愿意执行这样的任务，在会面时各自在石头刻上字，隔着河互打水漂暗示对方撤离。但埋伏着的双方父亲、兄弟（千手一方是父辈千手佛间和弟弟千手扉间，而宇智波一方是父辈宇智波田岛和弟弟宇智波泉奈）都不肯罢手，在几乎同一时间向对手发起了进攻。斑与柱间不得不走向对立面，斑也不得不斩断和柱间的羁绊，双眼开启了单勾玉写轮眼，两个曾经在一起讨论着未来的人，就此走上了完全对立的方向。 从那以后，两人日复一日年复一年不停地在战斗，不知不觉间，二人都成为各自族群的首领，每次交手后两人的实力都几乎不相伯仲。后来在一次战斗中，千手扉间使用“飞雷神斩”重伤了宇智波泉奈，导致宇智波泉奈伤重不治。临死前，泉奈将自己的双眼献给了哥哥，让斑继承自己的力量守护宇智波，而斑也因此意外地开启了永恒万花筒写轮眼。
战争的天平渐渐地倾向于千手一族，形势慢慢变得对宇智波一族不利，越来越多的族人选择了屈服，但是身为族长的斑还是坚持抵抗到底。为了守护对弟弟的承诺，宇智波斑决定拼死一搏，单枪匹马对千手柱间发起了挑战。经过一天一夜的漫长争斗，斑第一次倒下了，柱间提出两大族群就此停手，共同建立忍者村以换取和平的想法，但斑要求柱间必须选择自杀或者杀死其弟扉间，才能相信他们。情谊深重的柱间毅然选择自杀，并告诫其弟扉间要以维护和平为大任，斑被柱间的诚意打动，阻止了柱间自尽，两大族群就此罢斗，曾经战斗了无数次的千手和宇智波终于首次结成了同盟。
经过讨论和规划，两大族群终于签订了协议，一起创立了木叶忍者村，隶属于火之国。千手一族和宇智波一族联手形成的忍族联合体系受到了世人的高度评价，各国的忍者族群纷纷效仿这种一国一村的模式，组建了各自的忍者组织。随着忍村的建立，战争也逐渐平息，忍界一度恢复了和平，斑和柱间终于完成了曾经的梦想。
木叶忍者村建立后，千手柱间因受到广泛的支持，而担任了木叶忍者村的第一代火影，一切似乎都在朝着美好的方向发展着。 宇智波斑在南贺神社密室里，用永恒万花筒写轮眼的瞳力解读出宇智波石碑上六道仙人留下的箴言，其内容令斑为之震惊，也为日后发生的一切埋下了伏笔……
长久的战争，使宇智波族人对战争产生了厌恶，对力量产生了畏惧，因理念的不同，崇尚力量的斑并没有被木叶的人所认同，甚至不被自己守护的宇智波族人信任和支持。正因如此，斑与千手柱间的隔阂开始日益加深。
斑预测千手柱间死后，其弟千手扉间定会继承火影大位，而宇智波一族也迟早是兔死狗烹的下场。虽然千手柱间对宇智波斑百般挽留，决定让宇智波斑做第二代火影，但是斑看出：除了柱间，没有人能和他坦诚相待。斑坚持离开木叶，寻找自己想要的“真正的和平”。而后斑就好像彻底消失了一样，没有人再听到过他的消息。但是，突然有一天，斑回来了，并且像是想要摧毁曾经的梦想一样向木叶发起了袭击，为了保护村子，千手柱间毅然出战。斑利用写轮眼的强大瞳力操纵着尾兽中最为强大的九尾与千手柱间抗衡，而千手柱间则以仙人模式下的木遁忍术与之应战。
这场惊天动地的战斗后来被刻印在世人的记忆中，夜以继日的战斗改变了战场的地形。最后柱间终于将斑击败，并手刃了曾经的友人，暂时地守护了木叶的和平，这个大峡谷在后来都被世人称为终结之谷。 终结之战后，宇智波斑并不是世人所想的那样死去，而是存活了下来。他在死前将瞳术“伊邪那岐”封印入自己的右眼，由于万花筒写轮眼的特性，这一瞳术在经过了若干时间之后自动启动，改写了斑被柱间所杀的现实，斑借此获得了重生。在之前的战斗中，他从柱间身上咬下了一块肉，他将肉吐了出来，并移植于伤口处，从而顺利获得了柱间的细胞 。但是在移植了柱间细胞后，起初一直不曾有什么反应，连斑自己也慢慢感到疑惑（石碑上记载着“互斥二力，相与为一，孕得森罗万象”，斑对此深信不疑）。时间流逝，直到斑阳寿将尽之时才意外地开启了轮回眼。与此同时，某个封印也因此解开，斑从封印石——月亮上通灵出十尾的躯壳，称作外道魔像。当然，开启轮回眼后的斑也亲眼目睹了宇智波一族的石碑记录的最后内容（实际上已被黑绝所篡改）。于是，一场针对整个世界的阴谋就这样拉开了帷幕。
斑利用外道魔像为触媒培养柱间细胞，并产生出上一次无限月读开启时产生的白绝。从那时起，斑便利用白绝在外收集情报，了解忍者世界的变更。这时候的斑年事已高，衰老虚弱而无法作为，只能依靠外道魔像输送查克拉勉强维持生命。为了实现自己的计划，斑将轮回眼移植于仙人之体后裔的年幼长门身上，希望能有朝一日能以轮回天生之术将自己复活。然后斑一边苟延残喘，维持着生命，一边等待着时机。
第三次忍界大战期间，神无毗桥之战后，宇智波斑救下重伤濒死的宇智波带土，以柱间细胞为其重塑身躯。斑认为带土这种人是可以助自己完成计划的完美棋子，于是他利用刻印在忍者心脏上的咒印符操纵雾忍，策划野原琳之死事件，并借此让宇智波带土堕落进黑暗的深渊。最终，带土落入了自己的圈套，认同了斑的思想。于是，斑教授带土以阴阳遁、宇智波禁术和六道之术，并嘱咐带土笼络长门，然后在集齐九只尾兽完成后复活自己，展开“月之眼计划”。把一切都交给宇智波带土后，宇智波斑将自己的部分意志注入一只白绝的右边身体，创造了黑绝，以其作为带土的助手（实际是监视）。在完成了这些事情之后，斑自己挣脱了连接外道魔像的管道，将“宇智波斑”这个名号托付给了带土，随后因身体机能衰竭而死。 第四次忍界大战时期，宇智波斑的尸体被药师兜找到（黑绝引导），兜用秽土转生之术将斑召唤了出来，并将其作为和宇智波带土联手的筹码。后来为了扭转战场局势，兜利用二代土影·无召唤出了宇智波斑，看到自己是秽土转生之身，斑感到大惑不解，但此时他也不知究竟带土和长门的计划出了什么问题。在第一次与联军第四部队交锋后，斑便展现出了极其可怕的实力，大范围的火遁、行云流水的体术使得联军忍者遭受了巨大的伤亡，大批忍者倾尽全力也难以伤其分毫，甚至无法近身。在三代土影·大野木、五代风影·我爱罗、漩涡鸣人影分身的围攻下，斑开启了万花筒，召唤出须佐能乎，一时间所向披靡。
为了击败宇智波斑，大野木将我爱罗的沙子变轻，我爱罗利用斑脚下的空隙将其拖拽出须佐能乎，此时鸣人以仙法·螺旋手里剑向其发难，眼看着胜利在望，千钧一发之际斑将写轮眼转化为轮回眼，吸收了鸣人的攻击。兜通过秽土转生的二代土影·无向斑叙述了其写轮眼最终会进化为轮回眼的推断，兜的研究成果令斑颇为惊奇。为了进一步展示力量，斑施展了陨石天降之术，犹如神一般的力量令众人感到惊叹。最终，大野木和我爱罗未能阻止斑的忍术，无数忍者惨遭屠戮。
战场上一片狼藉，斑以通灵之术确认带土并未成功捕捉到九尾后，以树界降诞向存活的大野木等人发难，此时，九尾感受到大敌当前，主动将查克拉输送给鸣人的影分身以对抗宇智波斑，但终究也只是强弩之末，眼看着战场上已经无人可以匹敌斑的力量。此时，四代雷影·艾和五代火影·纲手凭借“天送之术”抵达战场，五代水影·照美冥也由四代火影的护卫小队施展飞雷神之术及时赶到，五影首次联手抗敌。
战斗伊始，五影凭借优秀的配合一度压制住了宇智波斑，但是斑很快便施展木遁分身扭转了局势，当年柱间的力量和斑的力量此时结合在了一起，即便是五影也被打得几乎无还手之力。危急时刻，大野木唤起了众影，凭借纲手的查克拉一口气使出了超大范围的尘遁，一口气将木遁分身消灭干净，并逼退了宇智波斑本人，其他五影趁势配合，斑看似被逼入了绝境。此时，斑终于认同了五影的实力，于是也决定全力应对，开启了完成体须佐能乎。完成体须佐能乎劈山裂石的威力彻底震惊了五影，眼看五影就要命丧于须佐能乎刀下，此时兜的秽土转生之术被宇智波鼬解除，须佐能乎消失，斑的灵魂开始升天。
看到秽土转生之术终于被解开，五影以为已经获胜，但令所有人吃惊的是斑的灵魂并未升天，反而解除了秽土转生的通灵契约，之后以压倒性的优势轻松将五影击败。摆脱了纠缠之后的斑来到另一边的战场与宇智波带土汇合，并向其质问自己没有被轮回天生术复活的原因，得知八尾和九尾还未被捕获之后，斑决定亲自动手。
鸣人等人的实力超出了斑的预计，两位人柱力久久未能被捕获，此时十尾已经复活，斑决定先控制十尾。随后忍者联军抵达，斑和带土操纵十尾对抗大军，众忍者死伤惨重，奈良鹿久、山中亥一、日向宁次等人先后被杀，但这反而激发了鸣人和联军的斗志，凭借鸣人的九尾查克拉强化，忍者联军一口气切断了带土和斑对十尾的控制。
战斗继续进行，忍者联军被鸣人的九尾查克拉保护着不受十尾、带土、斑的伤害。此时，十尾发动了天地异变，而后被秽土转生的四位火影抵达战场，使出四赤阳阵困住了十尾，而斑又一次和千手柱间交战。四位火影的赶到改变了战场局势，但是好景不长，宇智波带土利用卡卡西毁掉了斑安置在自己心脏上的咒印符，而斑想控制带土施展轮回天生之术复活自己的行动失败了，带土发动“六道十尾柩印”一举将自己变成了十尾的人柱力，斑只能静待机会。带土为了实现无限月读而召唤出神树，面对拔地而起的参天大树，千手柱间陷入了疑问，斑则向柱间讲述了宇智波石碑上所记载的六道仙人和十尾的过去，并表明自己将伺机取而代之成为十尾人柱力。 宇智波带土被漩涡鸣人、宇智波佐助和忍者联军合力击败后，宇智波斑也暂时被千手柱间的明神门压制，但斑已预先作下安排。在带土准备以轮回天生之术复活死去的联军众人时，潜伏在附近的黑绝突然现身，附身控制带土使用轮回天生术复活了斑。宇智波斑复活后失明，继而逐渐取回生前的力量，使用之前插在柱间身上的查克拉黑棒束缚其行动并吸取了他的仙术查克拉。之后斑摆脱鸣人、佐助、佐井等人的纠缠，转而前往捕获尾兽，但没有眼睛的斑无法抵挡九只尾兽的车轮战，斑被折断了右臂。这时候，一只白绝出现，并将斑的轮回眼（右眼）和自己的右臂交给了斑，斑接上白绝的右臂并装上右眼，开始正式狩猎尾兽。斑使用轮回眼之力通灵出宇智波带土体内的外道魔像，并以“轮墓·边狱”瞬间将众尾兽击倒在地，同时伸出外道锁链欲将所有尾兽收入外道魔像体内。终于，奇拉比体内的八尾、鸣人体内的九尾被抽离，九只尾兽被一一吸入了魔像之中。此时，千手扉间使用飞雷神斩从背后偷袭，但还是被斑击倒在地，而后佐助也赶来阻止斑，可是也被“轮墓”定住无法动弹，斑丝毫没有顾念同族情分，甚至没有对长相酷似弟弟泉奈的佐助有任何犹豫，毫不留情地用草薙剑刺穿了佐助的身体。击败了柱间、鸣人、尾兽、扉间、佐助，又拥有了九只尾兽，斑通灵出十尾，施展“六道十尾柩印”将其吸收，成为了十尾人柱力，以第三个六道的身份前往另一战场，准备将自己的左眼夺回。
波风水门为了拯救鸣人的性命打算将自身的阴九尾查克拉传输给鸣人，却遭到黑绝的阻挠，九尾也被黑绝夺取，紧接着斑也到达现场。为了取回轮回眼，斑开始再次劝诱带土，此时波风水门进入仙人模式向斑发动攻击，卡卡西和我爱罗也同时展开行动阻止带土走向斑，但三人的攻击被斑瞬间化解，水门被斑打断了另一只胳膊，卡卡西和我爱罗也被击飞。眼看着带土再次投入了斑的怀抱，谁知带土却突然将手插进了斑的身体，原来他并未听从斑的诱骗，而是从斑身上取走了部分一尾和八尾的查克拉，并吸收了少部分的六道仙术，为了拯救鸣人，卡卡西将鸣人转移至时空间。随后旗木卡卡西和宇智波带土的神威配合使斑没能阻止带土进入时空间，卡卡西也被赶来的迈特·凯所救 。
面对神一样的宇智波斑，凯抱着必死决心开启了八门遁甲的最后之门——死门与斑交战。在八门全开的无敌体术面前，即使是六道模式下的斑也依然难以应付。凯首先使用了“夕象”，对斑展开了超越人类极限的体术攻击，面对“夕象”暴风骤雨般的攻势，斑被打得节节后退，但即便被打得遍体鳞伤，斑仍然没有受到致命伤，反而越战越兴奋。最后凯只好使用自己剩余的生命发动了终极奥义——“夜凯”，强大的招式使得空间都发生了扭曲，斑承受了“夜凯”的攻击，身受重伤，但依靠十尾人柱力极其强大的恢复能力，斑很快回复了收到重创的身躯。就当斑准备用求道玉结束因为死门副作用而濒临死亡的凯的生命时，鸣人及时出现，将斑的求道玉一脚踢开，引起了斑不小的惊讶。面对实力大涨的鸣人，斑显得措手不及，被鸣人击倒在地，神树也被切断。此时，一道声音来自神树之中，蛊惑斑吸收神树，于是斑果断将神树吸收进体内，同时他也明白了那道声音的来源。
吸收了神树之后的斑获得了不死之身，以此对抗得到六道仙人力量的漩涡鸣人和宇智波佐助。斑因“轮墓·边狱”被佐助的轮回眼看穿而陷入下风，险些被鸣佐二人封印，为了对抗两人，斑脱离战斗，以迅雷不及掩耳之势夺取了卡卡西的写轮眼（左眼），发动神威来到了时空间，准备取回自己的轮回眼（左眼）。在时空间里，宇智波斑向宇智波带土讲述了当年策划害死野原琳以使宇智波带土堕入黑暗的阴谋。之后，斑从宇智波带土身上取回了另一只轮回眼。从时空间出来后，斑同时发动了“轮墓·边狱”和“地爆天星”攻击第七班，鸣人和佐助使出能力一一对抗，但这其实只是斑为了发动无限月读而采取的佯攻。趁鸣佐二人被拖住之际，斑飞向月面，额头开启了“轮回写轮眼”，无限月读正式发动。无限月读的光芒照耀着世界每一个角落，即使被物体遮挡也会被月光穿透，全世界几乎所有人都陷入了幻术之中，斑又发动了“神·树界降诞”，将所有陷入幻术中的人们包裹了起来。 无限月读成功发动，但是第七班成员却因为佐助的须佐能乎而幸免，斑返回地面，准备亲手消灭第七班。但此时却发生了一件令所有人匪夷所思的事情，本应该是代表着斑之意志的黑绝突然背叛，从背后贯穿了斑的身体，斑无法动弹，地面喷涌出大量高密度的查克拉强行注入其身体，斑的身躯不断膨胀，黑绝也逐渐与之融合，接着，传说中的查克拉之祖——大筒木辉夜复活了。
大筒木辉夜登场之后便对第七班展开了攻击，在她放出黑绝吸收鸣人和佐助的查克拉时，黑绝道出了真相。原来所谓的“无限月读”、“月之眼计划”，一切都是为了让辉夜复活而做出的准备。黑绝的真实身份是上古时期，大筒木辉夜被六道仙人兄弟封印前所产生的代表着辉夜意志的产物。为了复活辉夜，黑绝修改了六道仙人在宇智波南贺神社留下的信息，并煽动六道仙人长子——因陀罗与六道仙人次子——阿修罗争夺忍宗的继承权，借此挑起了两家长年累月的争斗，这场争夺即使在因陀罗和阿修罗死后也没有停止，而是一直延续到了他们的子孙后代乃至两人的转生者身上。之后，在漫漫历史长河中，黑绝不断接触两边的转生者，试图开发轮回眼，但全都以失败告终，直到到了宇智波斑和千手柱间这一代，黑绝才确信了斑可以成就轮回眼。斑被黑绝篡改过的六道仙人石碑所误导，认为只有无限月读才是拯救世人的唯一办法，并且执着于将宇智波和千手的力量合二为一，于是，才有了终结谷大战。结果，宇智波斑输给了千手柱间，但斑却也因此获得了开启轮回眼的条件。黑绝一直伪装成自己是斑的意志所化，并小心翼翼的执行着斑的命令，扮演着宇智波的影子这个角色，直到第四次忍界大战爆发，战前黑绝先是故意让兜发现斑的尸体，而后让兜以斑为筹码加入带土的计划中并强化了白绝的战斗力，一步一步引导带土和斑发动无限月读，唤醒辉夜的意识。最终，外道魔像吸收了所有尾兽的查克拉，十尾复活，无限月读成功发动，辉夜的意识也完全苏醒，黑绝再利用从中了无限月读的人们身上吸收来的查克拉，以斑的身体为媒介彻底复活了大筒木辉夜，至此，黑绝的使命终于完成了。
无限月读发动后，感觉到不妙的的四位火影赶到现场，却只发现了之前斑被佐助切断的下半身，扉间提议用秽土转生之术看斑是否已经真的死亡，但柱间认为这样做又要牺牲别人作为祭品而没有同意，这时，感应到因陀罗、阿修罗、九尾查克拉合二为一的六道仙人出现在他们面前，并详细告知众火影目前的形势。
第七班成功封印辉夜，斑身上的尾兽们和外道魔像均被剥离，轮回眼、木遁细胞也全部失去，斑作为曾经的人柱力，失去了尾兽便必死无疑。此时，柱间来到奄奄一息的斑身边，时隔多年，斑与柱间互相敞开心扉，鸣人和佐助也在一旁见证了他们的前代转世者的结局。
