确实是佛教表面影响最大，但却不能忽视神道教，所以这个问题很难说，要看从哪个角度。佛教通过朝鲜传至日本，虽然没有神道教在日本的历史悠久，但无论在民众普及率还是在比较精英的文化中都在后世出现了更广泛和深刻的影响，但这并不影响神道教在日本的地位和固有影响，两教出现了一定的结合和吸收，神道教维系了日本固有的政治体系，尤其是天皇的地位，并且在日本贵族中保持并强化了武士道精神，然而神道教在后来的思想哲学演进中也吸收了少量佛教因素。在日本实力较大的佛教宗派包括律宗，天台宗甚至东传密宗都在日本民间产生了更大的影响。可以说日本人均受两种思想影响均很深，表面上看佛教更广，但没有了神道教，也就无从谈起日本人的性格了，可能大概是这两者结合才造就了菊与刀的特质吧。
所以，我也很难明确说哪个影响更大，当然日本目前是世界上佛教徒人数最多的国家（很可惜，泰国是佛教徒比例最高的国家，但由于人口基数小，论总人数比不上日本），但日本人人均有神道教的气质在骨子里，这就很难说影响孰大了。
最后说到儒教，表面上看现代日本似乎找不到儒教的影响，然而日本人的日常规范等自大化改新就是在学习儒，尽管提到的并不多，但大家不认为具有的影响不代表本质上没有，就如同中国偏远山村的农民未必知道孔子其人，但其思考方式，功利观念，行为准则却按照其准则执行，当然就可以认定其影响很大，尽管连受影响的人都不知道这种影响。
如果说更深一步，近现代日本的发展其实还是受儒教影响颇深的，明治维新主要就是受到阳明心血的影响，木户孝允，东乡茂德，大久保利通等人都是心血崇拜者。这个问题就不细说了。
总之，这个问题，要看角度，看事情，看人，具体分析。
（在这里请暂且允许我使用儒教这种说法，不去讨论该叫儒家还是儒教，我们不该把“教”这个词仅仅定义与对超自然力量的崇拜。就如同佛教，其实原始佛教想阐释的相比于超自然崇拜还是更倾向于思想修为的哲学修炼，这个问题如有机会，以后可以交流。
本人观点简略如上，仅供参考。
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