南京明城墙一周共设13座城门。
东有朝阳门，南有聚宝、通济、正阳（即光华门）3门，西有三山、石城、清凉、定淮、仪凤门5门，北有太平门、神策、金川、钟阜4门。
1、正阳门（光华门），南京城墙的正门，内外均有瓮城的复合型瓮城，是中国城墙建造史上独创。外国使臣来朝觐见必须经正阳门出入，正阳门也就是明朝“国门”。
2、通济门，南京城墙十三座内城门中占地面积最大的城门，是一座福船型（鱼腹型）内瓮城城门，瓮城周长约690米，立面城宽约90米，均为条石砌筑。
3、聚宝门（中华门），南京城墙的正南门，中华门是中国现存最大的瓮城堡垒。
4、仪凤门（兴中门），南京城北进入南京城的要道，为单孔城门，上设两层箭楼。
5、朝阳门（中山门），原为单孔券门，1928年（民国十七年），国民政府为迎接孙中山先生灵柩，兴建中山大道时，将朝阳门拆除，把门基挖低，重建了一座三孔拱形的砖门，并改名为中山门。
参考资料来源：百度百科-南京明城墙
南京共有13座城门。东有朝阳门，南有聚宝、通济、正阳（即光华门）3座城门，西有三山、石城、清凉、定淮、仪凤门5座城门，北有太平门、神策、金川、钟阜4座城门。
1、正阳门（光华门）。是南京城墙十三座内城门，是京城的正门，内外均有瓮城的复合型瓮城，是中国城墙建造史上独创。光华门为南京内城南段城墙三座城门中，最靠东的一座。
2、通济门。是南京城墙十三座内城门中占地面积最大的城门，是一座福船型（鱼腹型）内瓮城城门，内部结构极其繁复，其形状在中国也绝无仅有，一座城楼，两条上城马道和人行道，三座瓮城，四道门垣皆为拱券砌筑，以及若干瓮洞，瓮城周长约690米，立面城宽约90米，均为条石砌筑。
3、聚宝门（中华门）。是南京城墙内城十三座城门中规模仅次于通济门的瓮城城门，是京城的正南门，中华门是中国现存最大的瓮城堡垒，也是目前世界上保存最完好、结构最复杂的古城堡、堡垒瓮城。
4、三山门（水西门）。规模仅次于聚宝门（今中华门），与通济门略同，建有内瓮城三座，门垣共四道，每两道城墙间设瓮城，内瓮城呈船形或者鱼腹型，供作储兵防守之用。
5、石城门（汉西门）。坐东面西，由两道瓮城、三通城门组成，皆为拱券砌筑。
6、清凉门。是明代南京内城十三座城门，由一道城门和一圈椭圆形瓮构成。
7、定淮门。是南京市明代内城十三座城门靠城西的城门，位于外秦淮河东岸。
8、仪凤门（兴中门）。是城北进入南京城的要道，军事位置十分重要，为单孔城门，上设两层箭楼。
9、钟阜门。坐西向东，几乎和仪凤门相对，也是两座距离最近的城门。
10、金川门。坐南向北，因古代有金川门涵洞使得金川河由此出城而得名，门外设有金川桥一座，城门附近设置有水闸，控制护城河和外金川河的流通。
11、神策门。是南京明城墙十三个内城城门中唯一一个设有左右两个门洞的城门，也是十三座城门中唯一采用了古老的外瓮城结构的城门，且瓮城门不正对着城门，而是开在瓮城的东北角，因此成为十三座城门中结构最独特的一座城门。
12、太平门。是南京城北面的正门，原为单孔城门，2014年复建为三孔城门。
13、朝阳门（中山门）。原为单孔券门，1928年（民国十七年），国民政府为迎接孙中山先生灵柩，兴建中山大道时，将朝阳门拆除，把门基挖低，重建了一座三孔拱形的砖门，并改名为中山门。
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元至正十六年(1356年)朱元璋率军攻克集庆，建立应天府，至正二十六年朱元璋下令“改筑应天府城”。洪武四年(1371年)至洪武十九年(1386年) 又建筑新城，历时21年，应天府城全部竣工，洪武二十三年(1390年)朱元璋又下令建造60多公里长的外围土城，传统称为廓。在应天府城内还有皇城，包括皇城和宫城。这样，明代的京师城垣，分外城、应天府城和皇城三重，外城和皇城己毁，仅存城门地名。
一、正阳门 城下门券一层，月城一座。是都城南面正门，与明皇城洪武门、承天门、奉天门等门在一条中轴线上，是扼守皇城的险要之门。1931年改为光华门。1937年日寇屡攻不下,重炮轰击，飞机轰炸，使城门坍塌。1958年拆除。
二、通济门 城下门券四层，每两层门券间设有瓮城，建筑宏伟，本门冲要，面向大道，外有九龙桥，旁为东水关，此地为秦淮河与明城濠合流处。1958年拆除。
三、聚宝门 原为南唐都城南大门，历朝扩建，宋代创建瓮城和券门。民间有朱元璋借聚宝盆的传说,因而将此门称聚宝门。传说不是历史,实际上聚宝门是因为它正对聚宝山(雨花台)而得名。本门连通繁华的商业大道，门下门券四层，三道瓮城，设27个藏兵洞，可藏兵五六干人.城门最为雄伟壮丽，显示“一夫当关，万夫莫开”气势，令古今军事家叹为止。1928年改名中华门,1931年改筑城门，拆掉左右城段，准备开中华东西两门，未成功。
四、三山门 原为宋元旧门，明重建时，因为它正对城外三山，故改称三山门。清代又改为水西门，本门为西出要道，连通繁荣的商埠，城下门券四层，右边是西水关。民间传说朱元璋夺取集庆后，陈友谅率数十万大军来争夺，刘基一夜造三桥，又把三山门的门栓从里搬到外，使陈军陷入迷魂阵，朱元璋遂在三山门一带大败陈友谅。1958年后被拆除。
五、石城门 门券两层，流通繁荣的商业大道。因靠近石头城，故称石城门。路面均铺“监石”，清代八卦洲柴薪由此车运入城，日久竟将监石碾碎。此门又称汉西门，或称旱西门，现存券门两个。
六、清凉门 地处幽僻，仅有一券。位于清凉山西麓的石头城侧，故称清凉门。由于面临秦淮河，又称清江门。清代时堵闭，后毁。
七、定淮门 地处幽僻，有一券。原叫淮远门，因为秦淮河在其附近入江，经常泛滥成灾，为镇秦淮河，所以改称定淮门，在清道光二十二年淤塞而废。
八、仪凤门 城下水洞两座，本门冲要，是明清时出入长江的必经之路。太平天国大将林凤祥指挥挖掘通向仪凤门的地道，用地雷炸开仪凤门城墙，直攻两江总督衙门。1928年改称兴中门，1958年拆毁。
九、 钟阜门 本门荒僻，有一券。踞狮子山岗，是明代都城北面西头第一门，由于门朝东，俗称小东门。清代时堵闭，后拆毁。
十、 金川门 金川河支流由此经过，故称金川门，依山控江，形势险要，明叛将李景隆开门献城，朱棣“靖难之师”由此入城。清代塞闭此门，后毁。
十一、 神策门 本门荒僻有两券，东至后湖，依丘傍湖，地近幕府山和长江，是军事防守要地。十三门中唯此门由刘基开两洞。顺治时，郑成功17万大军攻城时，中了守城清将缓兵之计，守兵偷偷凿开另一城洞，偷袭大败郑成功，后称神策门为得胜门。1928年改称和平门，现存瓮城券门各一，谯楼一座，2002年修复开放。
十二、太平门 本门可扼要钟山，控制北郊，自六朝以来，向为兵家争夺之地。太平天国时，在钟山上筑天堡城，门旁筑地堡城，后曾国荃挖地道轰坍城门城墙，攻陷天京。1928年曾改太平门为自由门。后毁。
十三、 朝阳门 本门僻静，是明都城之东门，是通孝陵必经之地。皇家禁区，城门常闭。清代故宫改为驻防城，较冷落。1928年改为中山门。
应天府城旧称96里，《首都志》载实测61里，1954年测量为33.676公里，1983年文物普查时测得外型完整部分为19.802公里，半损坏部分为1.594公里，十三座明城门仅剩4座，民国时开武定门、汉中门、中央门，解放后开解放门、集庆门，明城墙已失去其原汁原味的特色。
南京现存的城门，主要始建于明代，开城门十三座，都与市内大街贯连，街道纵横交织，主次分明，井然有条。城门与城池构成了这座城市的坚固防御体系和便利的交通网络。明朝皇帝朱元璋发现东郊的皇宫紫禁城离钟山太近，对军事防守不利，遂又下令利用应天府城外围的黄土丘岭，用砖砌一部分外城墙，先后开了十八座城门。
这些城门自东南向西北顺时针依次是：朝阳门（今中山门）、正阳门（今光华门）、通济门、聚宝门（今中华门）、三山门（今水西门）、石城门（今汉中门稍南的汉西门）、清凉门（又称清江门）、怀远门（今定淮门）、仪凤门（今兴中门）、钟阜门、金川门、神策门（今和平门）、太平门，这就是常说的“里十三”。“外十八”指城郭的城门，东面有麒麟门、仙鹤门、姚坊门、观音门、佛宁门、上元门、沧波门、高桥门、上方门、夹岗门、凤台门、大小安德门、大小驯象门、江东门。在清朝以后又增辟草场门、丰润门、挹江门、武定门、汉中门、解放门等等。而明朝所开的城门今仅存聚宝（中华门）、石城（今汉中门稍南的汉西门）、神策（今和平门）、清凉四门。
六百多年来，内城门发生了很大的变化。自清末开始，随着城区的扩大和交通发展的需要，又陆陆续续增开了十一道城门，它们是：1908年开草场门；1909年开丰润门；1913年开海陵门；1929年开武定门；1931年开汉中门、中央门、小北门；1934年开新民门；1935年开雨花门；1952年开解放门；1992年开集庆门。这样，加上原来的内十三，就成了内二十四。
事实上，经过多年变迁，有的已不复存在，有名无门了。至于城门名称，也常有改动。例如：三山门改作水西门；石城门改作大西门、汉西门；清凉门改作清江门；定淮门改作淮远门；钟阜门又称小东门；金川门又称三民门；太平门曾称自由门。改动最多的一次是在1928年，一下改了七个。
1927年4月，国民党政府定都南京，有人认为老的城门名称不合时代潮流，遂由政府出面，下令更改七个门的名称。即改朝阳门为中山门；改仪凤门为兴中门；改海陵门（1913年新开的）为挹江门；改神策门为和平门；改丰润门（1909年新开的）为玄武门；改聚宝门为中华门；改洪武门（原正阳门）为光华门。这样，“内十三”当中，只有通济门没有改过，保留至今。
经历六百多年的风风雨雨，现在保存比较好的仅有城南中华门、西北挹江门、城东北玄武门、城东的中山门。至于外城墙和“外十八”城门，早已不在，单留下原城门名称当作地名了，其中只改了一处，即改姚坊门为尧化门。本回答被网友采纳