新成立的病毒病预防控制所是我国专门从事病毒病预防控制的卫生事业单位，其主要职能为：
1.为拟订与病毒病预防控制相关的法律、法规、规章、政策、标准、规范、预案及规划等提供科学依据，开展防制策略和控制措施的研究。
2.为政府病毒病预防与控制决策提供及时、准确、科学、全面的病毒病监测与流行资料等技术支持和参考意见。
3.为地方病毒病控制与预防提供指导意见和科学技术服务。
4.对重大疫情进行现场监控与处理。
5.对计划免疫中病毒疫苗使用效果进行评价。
6.从事国际合作, 联防世界范围的病毒性传染病。
7.建立完善的病毒病监测网络，对全国病毒病流行情况进行监测、信息收集、处理上报和专项分析，进行病毒流行病学、分子流行病学、生态学、遗传变异等研究，为疾病监测提供科学技术支持。
8.建立完善的病毒检测与参比实验室系统，对病毒进行分离检定，进行病毒病原学、免疫学、病毒结构与功能、病毒宿主细胞相互作用等研究，为病毒鉴别诊断提供科学技术支持。
9.促进病毒诊断、疫苗和治疗等病毒生物技术发展，为病毒病预防与控制提供新技术、新方法。
10.加强疾病预防控制医学人才的培养。
病毒病预防控制所设有5个行政机构，11个专业科室，3个院士实验室，一个后勤服务中心，承办两个病毒专业杂志。病毒基因工程国家重点实验室暂时依托于病毒病所。
5个行政机构：病毒病所办公室、党群工作处、疾病控制与科学技术处、财务处、人力资源处。其中疾病控制与科学技术处下设两个相对独立机构：病毒监测信息处理中心和实验仪器中心。
11个室和中心，其中8个疾病预防控制室，3个疾病预防控制支撑中心，分别为：朊病毒室、肝炎病毒室、腹泻病毒室、流感病毒室、出血热脑炎病毒室、肿瘤病毒室、脊灰病毒室、麻疹病毒室、病毒应急技术中心、病毒资源中心、图书网络中心。
三个院士实验室：曾毅院士实验室、侯云德院士实验室、洪涛院士实验室。
两个杂志编辑部：病毒学报编辑部（中国微生物学会）、中华实验和临床病毒学杂志编辑部（中华医学会）。
后勤服务中心，为病毒病所后勤机构。作为后勤改革的过渡形式，病毒病所后勤服务中心人员由陶然科技服务中心（陶然科技服务中心为病毒病所二级法人机构）代管，按企业形式运行，待条件成熟时与病毒病所剥离，实行后勤社会化。
病毒病所设有6个国家研究中心和实验室：中国CDC朊病毒检测中心、国家流感中心、国家虫媒病毒研究中心、亚太地区脊灰参比实验室、国家麻疹实验室、全国医学病毒毒种保藏管理中心。以上国家研究中心和实验室分别设在11个疾病预防控制室和疾病预防控制支撑中心内。
