细菌病毒的种类繁多，但其分类标准并不统一。1976年，国际病毒分类委员会发布的第二份报告首次将细菌病毒分为8个科，后来在1979年和1982年的报告中调整为10个科。以下是各科的特性和代表种：
肌病毒科：形状多样，有正多面体头和可收缩尾鞘，DNA为双链线型（dsDNA），T2和T4噬菌体（参见彩图）是典型例子。
长尾病毒科：头是正多面体，尾较长，无收缩尾鞘，DNA同样为dsDNA，λ、T5噬菌体是代表。
短尾病毒科：头为正多面体，尾短约20纳米，dsDNA是其核酸，T7和P22噬菌体是代表。
被脂病毒科：病毒粒呈正二十面体，有脂质内外层，dsDNA环状，PM2噬菌体是其代表。
覆盖病毒科：直径约65纳米，有长尾状结构，dsDNA线型，PRD1噬菌体是典型。
微病毒科：直径27纳米，正二十面体，ssDNA环状，ΦX174噬菌体是研究深入的代表。
丝状病毒科：长丝或短杆状，ssDNA环状，fd噬菌体和MVL51噬菌体分别代表长丝和短杆形态。
光滑病毒科：直径23纳米，正二十面体，只感染雄性细菌，MS2噬菌体是代表性例子。
前8科病毒无包膜，原质病毒科和囊病毒科则有包膜。原质病毒科如MV-L2噬菌体，包膜多形，dsDNA环状；囊病毒科如Φ6噬菌体，包膜含脂质，dsRNA线性分段。
T系大肠杆菌噬菌体和λ噬菌体因其广泛研究而闻名，分别代表烈性和温和性噬菌体，对分子生物学有深远影响。其他科的细菌病毒则相对较少见，MS2、R17、Qβ、f2等噬菌体研究ssRNA，而ΦX174、S13、G4、ΦR等研究ssDNA，fd和f1、M13等噬菌体则在大肠杆菌噬菌体中占有重要地位。
细菌病毒（bacterial virus）是以细菌为宿主的病毒。又称噬菌体（Phage），由F·W·特沃特于1915年和F· H·德埃雷尔于1917年分别发现。噬菌体一名是由后者确定的，Phage意为细菌的噬食者。这类病毒与动物或植物病毒具有共同的基本特性。分为10科，其中肌病毒科，如T2、T4噬菌体等；长尾病毒科，如λ、T5噬菌体等；短尾病毒科，如T7、P22噬菌体等。