在超级机器人大战A中，游戏系统提供了丰富的战术选项。首先，援护行动分为攻击和防御两个部分。援护攻击的流程是：我方先攻击，接着敌方反击，然后我方援护机体发动攻击。发动条件包括邻接的机体、援护机体能行动、无高度差、射程覆盖、且需将サポートアタック设置为ON。援护防御则在敌方攻击后启动，我方反击，条件同样包括邻接、能行动、无高度差、闪避失败和SH值保护。
盾防御系统独特之处在于引入了SH值，当SH值耗尽，机体才会受到伤害，这对于HP较少的机体来说是个优势。但变形机体如Z高达在MA形态下将失去盾防御，因此在战斗前需考虑机体状态。
カウンター系统允许在敌人攻击时反击，攻击为必会心一击，但发动与否随机。主角和G高达中的大部分角色，如斗将戴莫斯和格斗型机体，具有这项能力，但需注意敌人的反击。
合体攻击是另一个亮点，当两个以上特定机体相邻时，可提升攻击和命中率，敌人只会针对发动合体攻击的机体。需要注意的是，合体需要地形相同、足够的气力和等级，以及EN值。多蒙和东方不败与风云再起的合体有些特殊，尽管满足条件，但武器列表中未显示合体技，应在使用完合体后分离，以备后用。
总的来说，超级机器人大战A的游戏系统提供了多样化的战斗策略，玩家可以根据机体特性灵活运用各种战术。
《超级机器人大战A》这可以说是GBA上第一款机战，以其优秀的画面，精彩的故事吸引了众多玩家．借助GBA的机能，画面感觉非常好，比起以前玩GB的感觉有天壤之别。