公元前99年被汉武帝误以为将军李陵投降匈奴，盛怒之下将李陵全家处死。太史令司马迁为了宽慰皇帝，也是为了救李陵家人的姓名，就说李陵有可能是诈降，将来有机会还会回来的。结果汉武帝勃然大怒，将司马迁下狱，并定下了“腐刑”，也就是宫刑。
一般人认为，“腐刑”是对臣子冒犯皇帝的特殊处罚，但是这里面存在诸多的疑点。
首先，汉朝早在文帝在位时期就废除了摧残人身体的肉刑，所谓肉刑是古代诸多酷刑的总称，比如割鼻子、砍手脚等，在汉文帝时期，临淄人淳于意犯罪，将处以肉刑，淳于意的小女儿缇萦上书汉文帝，称父亲如果受了肉刑重者身死，那么肉刑和死刑无异，就算是勉强苟活，也是个废人，形同行尸走肉，自己愿意入宫为奴婢，替父受过。汉文帝看到缇萦的上书后大为感动，很快下令废除肉刑。“腐刑”作为肉刑的一种，没有理由因为司马迁而恢复。
其次，对于言语冒犯皇帝的，处罚手段是很多的，如挞刑，就是打板子，流放，贬职等等，汉武帝作为一个英明神武的皇帝，不可能对这些刑罚都不知道，而且“腐刑”确实定罪过重，后世的人都对此愤愤不平，还一度成为汉武帝暴虐的罪证。司马光还评价汉武帝“有亡秦之失，而无亡秦之过”。
那么汉武帝为什么要对司马迁严肃处理，还是最阴损的宫刑呢？小编从史书里翻到一些蛛丝马迹。
原来，在西汉之前，官员的职务都是世袭的，包括史官也是如此。在《史记·太史公自序》中，司马迁就说了：司马氏世典周史。历史传统造就历史影响力，比如中国传统的家长制，哪怕到现代社会，提倡人人平等，一个家族里依然存在家长制的残余。所以，司马迁家族很有可能从周朝到汉朝一直都是史官，已经形成了强大势力，这股势力是汉武帝必须重视的。
史官看似既没有武力，也没有朝中的影响力，但是他掌握了对前人的评价权，史学家只要稍微动动笔，一个人后世的评价、地位可就不同了。汉武帝对此还是非常忌惮的，他是一代雄主，肯定不希望后代对他的作为有所微词，但对史官他又掌控不了，所以必须在活着的时候，给史官一些颜色看看，让他们知道皇权的力量。
再者，和后世的史官不同，在司马迁所处的时代，帝王将相是无权看史书的，因为这关系到史书的严谨性，否则帝王将相只要看了史书一定想修改，那历史就不客观了。比如春秋时期，齐国有个权臣崔杼弑君，史官记载“某年某月，崔杼弑其君”，崔杼一怒之下把史官杀了，而史官是世袭的，又传给了他弟弟，他弟弟继续写“某年某月，崔杼弑其君”，崔杼又杀了他弟弟，接着史官又一个弟弟继承史官，继续写“某年某月，崔杼弑其君”，最终崔杼也无可奈何。
所以综合上面的史料，我们可以得出一个推论，汉武帝把司马迁处以宫刑，实际上是要一举铲除史官的世袭制度，从根本上来说，还是为了加强中央集权，意思是我让你断子绝孙，看你怎么世袭。
后来果然如汉武帝所料，后世的史官都是朝廷任命的，自然要听皇帝的话，所以越往后期，史书越不客观，经常是抹黑前朝，美化本朝，皇帝的目的达到了，可我们再也看不到一个客观公正的历史了。