种植平菇的菌袋里出现了绿色杂菌，就说明菌袋里的基料被污染了，这样的菌袋基本上就不能使用了。如果使用杀菌剂处理，很可能会把您种植的平菇一起杀死。所以，在种植平菇的时候，一定要避免杂菌侵染基料的情况发生。
平菇的菌袋离出现杂菌，感染的渠道很多。接种、水、大棚消毒、基料消毒不到位等，都可能造成杂菌在菌袋里的基料里繁殖，影响平菇菌丝的生长，造成经济损失。如果仅有少量的菌袋出现霉菌，那是很正常的情况，是正常的损失。如果是大量的菌袋出现霉菌，那问题就大了，就说明在上述的某个环节在操作的过程中出现了问题。
1、基料消毒不到位。平菇种植使用的基料都需要经过一段时间的高温消毒作业过程，目的就是灭杀基料中存在的杂菌，减少对平菇菌种繁殖、生长的影响。但是，很多的平菇种植户由于规模的限制，使用的基料消毒设备都是较为简易的人工搭建的消毒炉。红砖、黄泥加一口大锅就是最简易的基料消毒设备，这种设备的消毒效果极不稳定，压力不够、温度也不稳定，很容易出现基料消毒不合格、从而出现菌袋长绿色霉菌的情况。
2、接种。平菇的接种也需要在无菌的情况下进行，接种的设备其实就是一个简易的、带2个操作孔、有进料和出料口的密封操作台，台子上有接种的工具和酒精灯。正常情况下，接种沾染杂菌的可能性不大。基本都是在进料或者出料的过程中出现的杂菌侵染，使得菌袋里长出绿色霉菌的情况。
3、大棚消毒。大棚消毒的方式比较多，种植不同的平菇使用的消毒方式也不同。比如说地摆木耳、猴头菇、香菇等，大多是采取撒施生石灰的方式进行土壤消毒；而对于种植灵芝等相对高端的平菇来说，一般都是采取药剂熏蒸、闷棚的方式来进行消毒。一般来说，大棚消毒只要措施处理得当，基本都会有不错的效果。但是也不排除闷棚时间短、大棚封闭不严等而出现的消毒效果不佳的情况发生。
4、水。平菇的种植也离不开水，正常情况下都是使用的地下深井水。地下深井水由于远离地表，水中的微生物和菌类相对较少。并且水温相对低，也不利于杂菌的生长。但是也不排除使用地表水进行灌溉的可能性，问题就出在地表水上面。特别是在夏季，由于温度较高，地表水里很容易生长青苔等菌类，这样的水如果通过微喷、注水针等方式浇灌的话，污染菌袋的可能性也比较大。
如果菌袋已经出现了绿色的霉菌，基本上就没有处理的必要了。最简单的方式就是向菌袋内注射高锰酸钾溶液，但是效果很有限。而且，在杀菌的同时，平菇的菌丝也可能会被一同杀死。为了减少霉菌的扩散，建议把这类沾染霉菌的菌袋、菌棒等扔到远离栽培区域的地方。