对于应扣未扣个人所得税的情形，向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处罚以50%到3倍的罚款，对扣缴义务人不加收滞纳金等规定，实务中基本上没争议，但对纳税人应不应该加收滞纳金还是有争议。
对纳税人不应加收滞纳金，文件规定得很明确：
1、《税收征收管理法》第六十九条：扣缴义务人应扣未扣税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
注意：这里写的是追缴税款，而不是追缴税款及滞纳金，也没有在追缴税款后面紧接着写上并从滞纳之日起按日加收万分之五的滞纳金。
2、《国家税务总局关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复》国税函[2004]1199号
关于应扣未扣税款是否加收滞纳金的问题
按照《征管法》规定的原则，扣缴义务人应扣未扣税款，无论适用修订前还是修订后的《征管法》，均不得向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。
这个文件应该是说得很清楚了：无论按新征管法还是旧征管法，也无论对纳税人还是扣缴义务人，都不得加收滞纳金。
但有人却不这么认为，他们有各种各样的理由：
1、国税函文件效力低于征管法，无效。
2、1199号文是个案批复文件，不具有普遍适用性。
3、1199号文说的是行政机关，其他纳税人不能适用。
4、扣缴义务人未代扣代缴，纳税人有自行申报缴纳的义务，未按时申报缴纳，从滞纳税款之日起应该加收滞纳金。
这些理由都不成其为理由：
1、国税函文件与征管法效力问题。法律文件效力有层级性是不错，但下级文件与上级文件内容上没有冲突的话，不存在较低级别文件无效。在应扣未扣个税是否加收滞纳金方面，征管法并没有要加收滞纳金的意思表述，如果有，1199号文违背了征管法规定无效，但征管法没有说。
2、个案批复不具有普遍适用性问题，这个问题在很多业务问题讨论时都存在。我对持这种观点的人简直无话可说，个案批复同类问题都不能适用，意思就是说同类问题一个一个都要去请示，总局一个一个都要发个文件，这岂不荒唐？1199号文是对广西的答复，那么其他省对这个问题也要去请示一下，总局也要给个文件答复？
3、1199号文说的是行政机关，其他纳税人不能适用。
4、扣缴义务人未代扣代缴，纳税人有自行申报缴纳的义务，未按时申报缴纳，从滞纳税款之日起应该加收滞纳金。这观点从根本上否定了1199号文，无须辨驳。
扩展阅读：1199号文全文是这样的：
《国家税务总局关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复》国税函[2004]1199号
你局《关于行政机关应扣未扣个人所得税法律责任问题的请示》（桂地税报[2004]45号）收悉，经研究，现批复如下：
一、关于个人所得税扣缴义务人的认定问题
根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称《个人所得税法》）第八条规定，行政机关是个人所得税的扣缴义务人，其向职工支付工资、奖金、补贴及其他工资薪金性质的收入，应依法代扣代缴个人所得税。
二、关于扣缴义务人应扣未扣税款的法律责任问题
2001年5月1日前，对扣缴义务人应扣未扣税款，适用修订前的《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《征管法》），由扣缴义务人缴纳应扣未扣税款；2001年5月1日后，对扣缴义务人应扣未扣税款，适用修订后的《征管法》和《国家税务总局关于贯彻〈中华人民共和国税收征收管理法〉及其实施细则若干具体问题的通知》（国税发[2003]47号），由税务机关责成扣缴义务人向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
三、关于应扣未扣税款是否加收滞纳金的问题
按照《征管法》规定的原则，扣缴义务人应扣未扣税款，无论适用修订前还是修订后的《征管法》，均不得向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。
1199号文标题虽然是关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复，但文件内容通篇都是引用个人所得税法、征管法的原文，文件中在在处处都是讲的纳税人扣缴义务人，而没有局限于行政机关。所以，我们不能过于纠结于标题而忽视内容。
另一方面，本来可以普遍适用的文件只对某一类纳税人适用，这在适用主体上有歧视。