黄巢的大齐政权仅维持了二十八个月，就走向了失败。后人在总结其失败原因时，往往归结于它的流动性(流寇主义)。认为长期流动作战，没有建立起巩固的根据地，是导致其失败的主要原因。据史料记载，黄巢个性及其乡土特征，是其失败的一个不可忽视的重要因素。一、夺取政权后固守一隅，丧失了机动灵活性。起义军占领长安在含元殿宣示政权后，唐朝的各级官吏纷纷倒戈投降大齐。而诸藩镇中有的归附，有的观望，有的与新政权坚决为敌，还有的阳奉阴违，伺机而动，对于这样错综复杂的情况，黄巢应当采取什么样的策略，是个十分不容易处理的政治课题。农民政权建立时，军队达百万之众，与逃亡的唐僖宗比具有绝对优势，起义军不再需要经常进行远距离的撤退，游动作战的方式基本结束。稳固地占有关中的一些郡县城市，形成了相对稳定的占领区。由于唐僖宗败走长安，并没有彻底被消灭掉，而长安城内秩序混乱，亟待修复，特别是誓与义军为敌的凤翔节度使郑畋、太原节度使郑从谠等，打着勤王的旗号，四处联络唐室党羽，分化归顺义军的唐旧将，使黄巢军无心追击唐宗室，只能固守在关中一带，“东不出同(同州，陕西大荔县)华(华州，陕西西华县)，西不过兴平。”黄巢军南征时占领过的城市，多由唐旧吏掌管，即使由义军首领掌管的地方，在藩镇反戈义军时也遭到围攻，由于没能形成大面积的连接，物资供应很快被切断，关中持续的大旱，唐朝廷撤逃时唐军队的掠夺和焚烧，大齐政权很快就陷入了缺衣、缺粮的境地。为了守住政权，黄巢要理顺新政权的关系，又要四面御敌，由原来的攻击敌人的薄弱环节，变成了直接面对强大的敌人的复辟，失去机动灵活性，内外交困，唐朝廷邀请的沙陀兵和党项兵的强攻，黄巢被迫退出长安东撤。而此时的黄巢已置身九五之尊，文武大臣伴随，行动迟缓，已不能像夺取政权前那样肆意流窜、轻装突袭，实际上是偏离了他擅长的流动作战的战术，陈州三百天攻坚大战，直接加剧了他的政权的灭亡。二、夺取政权太过迅速，缺乏必要的执政准备。黄巢从躲开唐军围剿开始，仅用不到二年时间就夺取了政权。其间还发生过瘟疾，经受过战败的挫折，所以黄巢大军的胜利是在取得优势极短的时间内夺取的，胜利来得太突然，以致于黄巢很难有执政的一套完整的思想准备。例如，义军进驻长安，向贫困的劳动人民散发财物，向群众宣称“汝曹但安居无恐”，并没有拿出可行的安抚方案。对于大齐政权，宣布唐朝的三品以上的官员全部罢官，四品以下可以留用，执政的基础仍然是唐朝的官吏，对部分官吏实行了招安、改造，大部分官吏只是发放了一张新的任命诏书，并没有分头做具体的争取工作和改造。对于拥兵自重的藩镇，没能够充分利用藩镇的投机心理及时采取远交近攻战略，在全国从根本上瓦解敌人的营垒，致使藩镇的力量得以完整地保存、发展，从容地相互联系，使他们赢得了政治赌注的资本。对于一度归附大齐的藩镇，黄巢缺乏应有的警惕，没有采取有力的措施，致使大量反动唐朝官吏混入大齐政权，因而当他们掉头叛齐归唐时完全陷于束手无策。特别是在一批藩镇还在极力对抗，江南地主武装蜂起自立为王之时，没有彻底地去镇压，而是匆忙登基，显然是条件与时机均不成熟，遇到旧势力的复辟，只能是忙于被动应付，从而步步退守，丧失优势，导致失败。
黄巢失败原因之一：没有建立起义根据地自从响应王仙芝聚众起义后，黄巢的起义军纵横大江南北，几乎打遍全国，起义军先后渡过长江四次，黄河两次，屡屡突破唐军防线，占领了很多地区。但黄巢的起义军始终是流动作战，在占领了新的地区后，就把原有的地区放弃了，黄巢从来没有建立一个真正的农民起义根据地，这是黄巢起义失败的主要原因，也是后来李自成起义失败的主要原因之一。
黄巢失败原因之二：占领长安后不思进取
公元880年黄巢占领长安后，以为起义已成功，忙于建立自己的政权，没有及时追赶向四川方向逃走的唐僖宗，也没有趁热打铁消灭敌人的有生力量，放任唐僖宗在四川地区恢复力量，结果没过多义就被已喘过气来的唐王朝打败。当时留在关中的唐中央禁军尚有数万人，黄巢不仅没有派军消灭他们，还给了他们重新聚集攻打长安的机会。因唐凤翔节度使郑畋及其将佐假投降，黄巢对他们放松了警惕。郑畋暗中同逃往四川的唐僖宗联系，并把分散在关中各地的禁军招集到自己周围，然后“完城堑，缮器械，训士卒”，又密约邻近的藩镇共同抗拒起义军，成为黄巢的大敌。从时势角度来讲，黄巢之所以形成气候是因为唐朝末年藩镇割据，使得官军与黄巢作战中指挥不能统一协调，使得黄巢得意扩展自己的势力。从军事角度来讲，黄巢采取的流动作战的方针使得自己得以回旋于各种势力之间最终到达长安，但是这些的策略也造成他在建立政权以后没有稳固的后方基地，只有长安一处在自己手里。从阶级局限性来讲，黄巢的起义是纯粹的农民起义。农民起义的先天不足造成了他们在取得一定胜利以后就被冲昏了头脑。从政治方面来讲，黄巢对地主阶级的打击面过大，在攻占长安以后残酷镇压长安的地主阶层。再加上黄巢在全军集结长安以后由于粮草不足，就残忍的以长安的宫廷人员和地主家族的人肉为食物。引起了当地人民的反感。因此在唐朝纠集残余势力进行反击的时候，长安当地的人民不仅不帮助黄巢的起义军，相反的为官军提供情报，而且长期的暴行也使得起义军内部一些有正义感的认识开始分离，因此使得黄巢大军一路溃败。
黄巢是一个儒生，出身于一个靠贩运私盐暴利发财的富裕家庭，殷实的家底使得黄巢自小就有条件苦读儒经以求晋身官场，却屡次科举均以落第告终。黄巢陡然间“怒从心头起，恶向胆边生”，离开长安时扔下一首“待到秋来九月八，我花开尽白花杀。冲天香阵透长安，满城尽带黄金甲。”杀气腾腾的誓言。黄巢回家做了几天私盐贩子。唐代规定只准国营企业经营盐，黄巢没有经营盐的许可证，结果他们的盐巴被查封没收了。他便散尽家产啸聚山林投身“农民革命运动”去了。他们的造反，如果目的是在于推翻暴政、摧毁一个旧王朝，建立一个能够减轻农民痛苦，推行轻徭薄赋的新王朝，那当然可以称为起义。但是，他从起兵到败死，一直没有彻底推翻唐王朝的想法。从公元875年起兵到880年，前后五年间曾五次向唐王朝乞降求官，平均每年一次，一直到他自立皇帝。黄巢极端的复仇心理也促使他在战争中对社会不加选择地实施了破坏政策，879年，在攻占广州后制造屠城血案、劫掠财货，屠杀回教徒、基督教徒、犹太人及平民共12万人。公元880年攻陷长安，自立为帝，但他从当上大齐皇帝的那一天起便沉溺在了掩耳盗铃式的帝王梦中，整天沉浸在宫中，过着淫乐生活。在长安坐皇帝时有人题诗讥讽，因为查不出作者索性把长安城中3000多无辜的儒生都砍了头。黄巢称帝后，士兵则如同明火执杖的强盗一般在长安街头杀人越货，争抢美女，殴打平民，到处扰民。几个月后，出现粮荒，长安城里一片混乱。小股唐军乘乱攻城，黄巢十分虚弱，立刻带了少数随从逃出城。唐军进城之后，受到长安百姓的欢迎。黄巢到了城外定下神来，才发现入城唐军人数很少，随即反攻入城。重入长安的黄巢，对于百姓欢迎唐军一事恨之入骨，居然下令屠城。将城中男丁杀戮殆尽，来了个“巢怒民迎王师，纵击杀八万人，血流于路可涉也，谓之洗城”，血洗长安城。这座当时世界人口最多的第一大城市长安，人烟断绝，成为一座空城。后来唐借沙陀兵协助攻城，一万多沙陀兵与黄巢十余万人对阵，黄巢一战即溃，只好弃城逃跑。883年4月，黄巢逃出长安之时，下令纵火。这座周、秦以来一直作为首都的古城，有一千五百多年的建都史，当时世界最大的百万人口城市，一炬成灰。从此，这座古城即与首都无缘。安史之乱，安禄山没有毁掉长安，吐藩攻入长安，市区略有所损，敢冒天下之大不韪彻底毁掉长安的古往今来只有黄巢。更为残忍的是，黄巢在失败前夕包围陈州近一年时间里，采用过机械化方式，将活人粉碎，以人肉作军粮，供应他围城部队，以保证他起义军的战斗力，也是前无古人，后无来者的规模。其骇人听闻的程度，既是中国之最，大概也是世界之最。黄巢所过之地，百姓净尽、赤地千里。《旧唐书》记载：黄巢率领全军围陈州近一年，数百(一说三千)巨碓，同时开工，成为供应军粮的人肉作坊，流水作业，日夜不辍。将活生生的大批乡民、俘虏，无论男女，不分老幼，悉数纳入巨舂，顷刻磨成肉糜，并称之为“捣磨寨”。陈州四周的老百姓被吃光了，就“纵兵四掠，自河南、许、汝、唐、邓、孟、郑、汴、曹、徐、兖等数十州，咸被其毒。”黄巢拉起的队伍，在行军作战中病死、饿死、战死的总数至少在一百万人以上。他带进长安的几十万人，大部分是饿死的。在黄巢起兵时，中原本是一个人口稠密的地区，到了他败死之时，这里已是纵横千里,全无人烟，一片焦土。后来，黄巢弃城逃跑到山东狼虎谷时，只剩下残兵一千余人，黄巢走投无路，众叛亲离，自杀身亡(一说被他外甥林言所杀)。纵观这位农民领袖大规模“吃人不吐骨头”行径，其野蛮，残酷，恐怖，骇人听闻，岂能给他冠以“起义领袖”来美化他。历代农民铤而走险，反抗强大的统治者，起义军的头目，无不残忍野蛮，无不杀人无算。但是，像黄巢以人肉为粮糗的恶行，绝非一般意义的战场上的较量，而是人性灭绝的屠杀。黄巢起兵还引发了拥兵割据的藩镇遍布全国，此后就出现了五代十国的乱世。
